Publikacje naukowe

FAHN/SPG35: wąskie spektrum fenotypowe w różnych klasyfikacjach chorób

Główne problemy związane z chorobami rzadkimi wiążą się z niedoborem i heterogenicznością publikacji naukowych. Jednym ze sposobów rozwiązania tych problemów jest standaryzacja i gromadzenie danych na dużą skalę. CENTOGENE skrupulatnie zarządza obserwacją kliniczną i genetyczną, wykonywaną za zgodą pacjenta, i otwarcie dzieli się tą wiedzą z partnerami akademickimi. Niedawna charakterystyka ultrarzadkiego zaburzenia związanego z zespołem FAHN stanowi trafny przykład; została opublikowana w czerwcowym numerze czasopisma Brain z 2019 roku.

Główne problemy związane z chorobami rzadkimi wiążą się z niedoborem i heterogenicznością publikacji naukowych. Jednym ze sposobów rozwiązania tych problemów jest standaryzacja i gromadzenie danych na dużą skalę. CENTOGENE skrupulatnie zarządza obserwacją kliniczną i genetyczną, wykonywaną za zgodą pacjenta, i otwarcie dzieli się tą wiedzą z partnerami akademickimi. Niedawna charakterystyka ultrarzadkiego zaburzenia związanego z zespołem FAHN stanowi trafny przykład; została opublikowana w czerwcowym numerze czasopisma Brain z 2019 roku.

Korelacja genotypu i fenotypu w przypadku nowej mutacji powodującej chorobę Fabry’ego

Choroba Fabry'ego (FD) to rzadka, dziedziczna choroba spichrzeniowa lizosomów, sprzężona z chromosomem X, spowodowana niedoborem α-galaktozydazy A, prowadząca do wewnątrzkomórkowego gromadzenia się glikosfingolipidów. Objawy FD są wielonarządowe i mogą się różnić w zależności od wariantów genetycznych związanych z chorobą.

Interpretacja wariantów typu missense w kontekście choroby jest trudna, zwłaszcza w przypadku wariantów, które nigdy wcześniej nie zostały opisane. W zaburzeniach metabolicznych potencjał analiz biochemicznych w zakresie wspomagania klasyfikacji wariantów jest coraz bardziej doceniany. Dlatego CENTOGENE połączyło testy genetyczne, enzymatyczne i metaboliczne w jedno podejście o nazwie CentoMetabolic®.

Powtórzenie heksanukleotydu modyfikuje ekspresję dystonii sprzężonej z chromosomem X w przebiegu parkinsonizmu

Dystonia parkinsonowska sprzężona z chromosomem X (XDP) to neurodegeneracyjne zaburzenie ruchu spowodowane pojedynczą mutacją: insercją retrotranspozonu SINE-VNTR-Alu (SVA) w genie TAF1. Niedawno opisano, że powtórzenie (CCCTCT)n w insercji SVA jest modyfikatorem wieku (AAO) w XDP. W niniejszym artykule badamy rolę tego powtórzenia heksanukleotydowego w modyfikacji ekspresji XDP.

Ekspresja choroby jest bardzo zróżnicowana w wielu zaburzeniach genetycznych, a identyfikacja leżących u jej podstaw modyfikatorów ma ogromny potencjał translacyjny. Dzięki swoim zasobom technologicznym i próbkom, CENTOGENE zajmuje wyjątkową pozycję, która pozwala mu znacząco przyczynić się do realizacji istotnych celów. Jeden z niedawnych przypadków ujawnił nowy modyfikator nasilenia choroby i zaburzeń poznawczych w dystonii sprzężonej z chromosomem X i parkinsonizmie. Wyniki badań opublikowano w prestiżowym czasopiśmie „Annals of Neurology”.

Identyfikacja wariantów genu PKD1 i PKD2 w kohorcie 125 pacjentów pochodzenia indyjskiego pochodzenia azjatycko-chińskiego z ADPKD

Firma CENTOGENE uważa swoją globalną pozycję za kluczowy aspekt generowania prawdziwie nowatorskiej wiedzy. Zaangażowanie firmy w niedawne, zakrojone na szeroką skalę badanie epidemiologiczne w Indiach stanowi doskonały przykład sukcesu tego podejścia. Badania genetyczne indyjskich pacjentów z przewlekłą chorobą wątroby wykazały, że wiele patogennych wariantów PKD1 jest specyficznych dla tej słabo zbadanej grupy etnicznej. Wyniki badań zostały opublikowane przed drukiem w czasopiśmie „Journal of Human Genetics” 28 lutego.

Firma CENTOGENE uważa swoją globalną pozycję za kluczowy aspekt generowania prawdziwie nowatorskiej wiedzy. Zaangażowanie firmy w niedawne, zakrojone na szeroką skalę badanie epidemiologiczne w Indiach stanowi doskonały przykład sukcesu tego podejścia. Badania genetyczne indyjskich pacjentów z przewlekłą chorobą wątroby wykazały, że wiele patogennych wariantów PKD1 jest specyficznych dla tej słabo zbadanej grupy etnicznej. Wyniki badań zostały opublikowane przed drukiem w czasopiśmie „Journal of Human Genetics” 28 lutego.

Wariant homozygotycznej przesunięcia ramki odczytu w alternatywnym splicingu eksonu DLG5 powoduje wodogłowie i dysplazję nerek

Dążąc do zapewnienia maksymalnej skuteczności diagnostycznej, CENTOGENE oferuje możliwość śledzenia negatywnych wyników WES/WGS w warunkach badawczych. Niedawno to podejście doprowadziło do powiązania szczególnej postaci wodogłowia wrodzonego z dwualleliczną inaktywacją genu DLG5. Odkrycie, które stanowi definicję nowego, rzadkiego schorzenia, zostało opublikowane w czasopiśmie Clinical Genetics przed drukiem 21 lutego.

Ocena zajęcia serca w chorobie Fabry’ego (FD) z wykorzystaniem natywnego mapowania T1

Kwantyfikacja biomarkerów oparta na spektrometrii mas jest rutynowym etapem diagnostyki wielu chorób w CENTOGENE. Dowiedz się więcej o naszych najnowszych badaniach.

Kwantyfikacja biomarkerów oparta na spektrometrii mas jest rutynowym etapem diagnostyki wielu chorób w CENTOGENE. Ponadto te sprawdzone narzędzia są coraz częściej wykorzystywane w badaniach naukowych. Niedawnym przykładem jest biomarker Lyso-Gb3, specyficzny dla choroby Fabry'ego (FD). Naukowcy, w tym dyrektor generalny CENTOGENE, prof. A. Rolfs, wykazali, że subkliniczne zaangażowanie serca w FD jest dokładnie odzwierciedlane przez wartości Lyso-Gb3 w osoczu.

Badanie ultrasonograficzne istoty czarnej w fazie prodromalnej podważa sugerowany związek między akumulacją substratu a ryzykiem choroby Parkinsona związanej z GBA

Choroba Parkinsona (PD) i choroba Gauchera należą do głównych obszarów badań Centogene. Ponieważ oba schorzenia mogą być spowodowane mutacjami w genie GBA, powszechnie zakłada się wspólny patomechanizm. Opierając się na połączeniu kilku podejść, międzynarodowy zespół ekspertów GBA, w którego skład weszli badacze Centogene, zakwestionował tę hipotezę. Odkrycia, które mają istotny wpływ na rozważania terapeutyczne dotyczące PD związanego z GBA, zostały niedawno opublikowane w czasopiśmie European Journal of Neurology.

Przydatność i implikacje sekwencjonowania eksomu we wczesnym stadium choroby Parkinsona.

Chociaż obciążenie genetyczne w chorobie Parkinsona o wczesnym początku jest wysokie, dokładne badania nad skutecznością diagnostyki genetycznej wciąż nie zostały przeprowadzone. Celem niniejszego badania była ocena wariantów znanych genów odpowiedzialnych za chorobę Parkinsona i inne zaburzenia ruchowe oraz znalezienie nowych kandydatów u 50 pacjentów z chorobą Parkinsona o wczesnym początku.

Opracowanie algorytmu opartego na dowodach, który optymalizuje czułość i swoistość diagnostyki opartej na ES w klinicznie heterogenicznej populacji pacjentów

Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle NGS i sekwencjonowanie Sangera. Wykorzystując tę strategię, staraliśmy się zoptymalizować diagnostykę opartą na sekwencjonowaniu eksomu (ES) w klinicznie zróżnicowanej populacji pacjentów.

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) szybko zastępuje sekwencjonowanie Sangera w diagnostyce genetycznej. Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle sekwencjonowanie NGS i Sangera. Wykorzystując tę strategię, staraliśmy się zoptymalizować diagnostykę klinicznie zróżnicowanej populacji pacjentów opartą na sekwencjonowaniu eksomu (ES).

Spektrum kliniczne, biomarkerowe i genetyczne zespołu Niemanna-Picka typu C w Egipcie

Choroba Niemanna-Picka typu C (NPC) to autosomalna recesywna choroba, której przyczyną są warianty bialleliczne w genie NPC1 (95% u pacjentów) lub NPC2 (5%). Objawia się głównie objawami neurologicznymi. Sfingomielina lizo-SM-509 została niedawno zaproponowana jako potencjalny biomarker NPC.

Rola mutacji ANO3 w dystonii: badanie przesiewowe mutacji na dużą skalę

Nowo sugerowane powiązania między genami a chorobami wymagają potwierdzenia w postaci szeroko zakrojonych badań epidemiologicznych; CENTOGENE aktywnie angażuje się w istotne projekty badawcze. Niedawny przykład dotyczył hipotetycznego związku między ANO3 a zaburzeniami ruchu. Badania przesiewowe ponad 1000 pacjentów wykazały silne poparcie dla patogennej roli heterozygotycznych wariantów missense ANO3 w chorobie Parkinsona i dystonii. Wyniki opublikowano przed drukiem w czasopiśmie Parkinsonism & Related Disorders 2 stycznia.

Nowo sugerowane powiązania między genami a chorobami wymagają potwierdzenia w postaci szeroko zakrojonych badań epidemiologicznych; CENTOGENE aktywnie angażuje się w istotne projekty badawcze. Niedawny przykład dotyczył hipotetycznego związku między ANO3 a zaburzeniami ruchu. Badania przesiewowe ponad 1000 pacjentów wykazały silne poparcie dla patogennej roli heterozygotycznych wariantów missense ANO3 w chorobie Parkinsona i dystonii. Wyniki opublikowano przed drukiem w czasopiśmie Parkinsonism & Related Disorders 2 stycznia.

Warianty genetyczne kanału jonowego NALCN–UNC80–UNC79

Warianty genetyczne w składnikach kompleksu kanałów jonowych NALCN–UNC80–UNC79 powodują szeroki fenotyp kliniczny (kanalikopatie NALCN). Więcej informacji znajdziesz na naszej stronie internetowej.

NALCN to konserwatywny kanał kationowy, który przewodzi stały prąd upływu sodu i reguluje spoczynkowy potencjał błonowy oraz pobudliwość neuronów. Jest częścią dużego kompleksu kanałów jonowych, “kanałosomu NALCN”, składającego się z wielu białek, w tym UNC80 i UNC79.

Algorytm oparty na dowodach w diagnostyce opartej na ES

Optymalizacja diagnostyki opartej na sekwencjonowaniu ES. Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) szybko zastępuje sekwencjonowanie Sangera w diagnostyce genetycznej. Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle sekwencjonowanie NGS i Sangera.

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) szybko zastępuje sekwencjonowanie Sangera w diagnostyce genetycznej. Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle sekwencjonowanie NGS i Sangera. Wykorzystując tę strategię, staraliśmy się zoptymalizować diagnostykę klinicznie zróżnicowanej populacji pacjentów opartą na sekwencjonowaniu eksomu (ES).

Wada HTRA2: rozpoznawalny wrodzony błąd metabolizmu

Defekt HTRA2: wrodzony błąd metabolizmu. Zaburzenia ruchowe u noworodków, zwłaszcza w połączeniu z napadami padaczkowymi, występują rzadko i często są związane z zaburzeniami mitochondrialnymi. Kwasica 3-metyloglutakonowa (3-MGA-uria) jest markerem dysfunkcji mitochondriów.

Zaburzenia ruchowe u noworodków, zwłaszcza w połączeniu z napadami padaczkowymi, występują rzadko i często są związane z zaburzeniami mitochondrialnymi. Kwasica 3-metyloglutakonowa (3-MGA-uria) jest markerem dysfunkcji mitochondriów. W szczególności stale podwyższone wydalanie kwasu 3-metyloglutakonowego z moczem jest cechą charakterystyczną niewielkiej, ale rosnącej grupy wrodzonych wad metabolizmu (IEM) spowodowanych wadliwą przebudową fosfolipidów lub zaburzeniami związanymi z błoną mitochondrialną (mutacje w genach TAZ, SERAC1, OPA3, CLPB, DNAJC19, TMEM70, TIMM50).

Wariant w genie NUDT2 powoduje recesywne zaburzenie neurorozwojowe

Wariant w genie NUDT2 powoduje zaburzenia neurorozwojowe. Niedawne badanie z udziałem 337 pacjentów z różnymi formami niepełnosprawności intelektualnej sugeruje, że homozygotyczny wariant nonsensowny c.34C>T (p.Arg12*) w genie NUDT2 leży u podstaw globalnego opóźnienia rozwojowego u dwóch dotkniętych tą chorobą sióstr.

Niedawne badanie przeprowadzone na 337 pacjentach z różnymi rodzajami niepełnosprawności intelektualnej sugeruje, że homozygotyczna odmiana nonsensu c.34C>T (p.Arg12*) w genie NUDT2 może leżeć u podłoża globalnego opóźnienia rozwojowego u dwóch dotkniętych nią sióstr.