Postawienie szybkiej i wiarygodnej diagnozy chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych może być trudne, nawet dla najbardziej doświadczonych lekarzy. Jednak dzięki najnowszym osiągnięciom technologicznym, wykorzystaniu sekwencjonowania całego genomu (WGS) jako podstawowego badania diagnostycznego oraz pogłębiającej się wiedzy na temat czynników genetycznych, wyzwanie to jest teraz łatwiejsze do pokonania niż kiedykolwiek wcześniej.
Ulepszone rozwiązanie WGS firmy CENTOGENE, CentoGenome, jest jednym z najbardziej kompleksowych narzędzi do diagnozowania chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych na świecie, oferując niezrównane pokrycie genomu i moc diagnostyczną w jednym badaniu. To nowatorskie rozwiązanie łączy w sobie zaawansowaną technologię opartą na usprawnionym systemie bioinformatycznym CE-IVD oraz interpretację opartą na wiedzy ekspertów medycznych z wykorzystaniem… Biobank CENTOGENE. CentoGenome potrafi wykryć niemal wszystkie typy wariantów, od wariantów sekwencji po bardziej złożone warianty, takie jak zmiany liczby kopii, disomia jednorodzicielska i ekspansje powtórzeń, w jednym teście.
Dzięki wdrożeniu technologii wolnej od reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) firma CentoGenome znacząco redukuje błędy i zapewnia wysokiej jakości informacje o sekwencjach trudnych do sekwencjonowania regionów genetycznych, umożliwiając lepszy wgląd w regiony kodujące, regulacyjne i intronowe.
Jako światowy lider i zaufany partner, CENTOGENE zapewnia bezpłatne i proaktywne potwierdzenie diagnozy oraz, w razie potrzeby, reklasyfikację wariantów.
CentoGenome wykorzystuje zaawansowaną analizę danych za pośrednictwem naszego systemu bioinformatycznego CE-IVD oraz interpretację opartą na opiniach ekspertów medycznych, wspieraną przez CENTOGENE Biodatabank, co pozwala na skuteczniejsze wykrywanie wariantów.
Wszystkie korzyści i jakość CentoGenome w zaledwie 5 dni roboczych
CentoGenome, będący testem pierwszego rzutu, to jeden z najbardziej kompleksowych testów WGS dostępnych na rynku, zarówno w przypadku rzadkich, jak i neurodegeneracyjnych chorób – obejmujący niemal wszystkie warianty powodujące choroby, w tym większość znanych rozszerzeń powtórzeń związanych z chorobami neurologicznymi, w jednym badaniu1. CentoGenome wykrywa również warianty liczby kopii (CNV) związane z rdzeniowym zanikiem mięśni (SMA), a także warianty powodujące choroby związane z chorobą Gauchera (GD) i podatnością na GBA1- związanej z chorobą Parkinsona (PD), charakteryzującej się najwyższym poziomem czułości.
Nowo opracowany test WGS wykorzystuje podejście bez PCR. To znacząco zmniejsza typowe odchylenie indukowane przez PCR i zapewnia wyższą jakość danych sekwencyjnych w typowo trudnych regionach genomu, umożliwiając bardziej jednorodne pokrycie i lepszą wydajność w wykrywaniu wariantów.
| Kluczowe cechy i wydajność | |
|---|---|
| Jednolity zasięg genomu |
|
| Zaawansowane i czułe wykrywanie wariantów |
|
| Ulepszone wykrywanie wariantów Związane z SMA i GD/PD*** |
|
SNV-y:warianty pojedynczego nukleotydu; InDels: małe wstawki/usunięcia; SV: Warianty strukturalne; CNV: zmiany liczby kopii; AKTUALIZACJA: disomia jednorodzicielska; mtDNA: mitochondrialnego DNA
* Warianty o niskiej jakości i/lub niejasnej zygotyczności są potwierdzane metodami ortogonalnymi: SNV i InDels metodą sekwencjonowania Sangera; CNV metodą multipleksowej amplifikacji sondy zależnej od ligacji (MLPA), ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (qPCR) lub mikromacierzy chromosomowej (CMA). W razie potrzeby gwarantowane jest również wewnętrzne badanie potwierdzające metodą ortogonalną w przypadku zgłoszonych wariantów związanych z chorobami związanymi z ekspansją powtórzeń, UPD., SMN1/SMN2 CNV i zdarzenia konwersji pomiędzy GBA1 I GBAP1, odpowiednio za pomocą analizy długości fragmentów (FLA), CMA, MLPA i qPCR
** Badanie przesiewowe UPD przeprowadzane jest przy użyciu autorskiego algorytmu dla błędów dziedziczenia mendlowskiego (MIE) w celu wykrycia serii homozygotyczności (ROH) dla dobrze znanych, klinicznie istotnych regionów chromosomowych. Badanie przesiewowe ekspansji powtórzeń przeprowadzane jest przez ExpansionHunter.
*** Badanie SMA przeprowadza się przy użyciu algorytmu SMN Caller w celu wykrycia SMN1/SMN2 CNV-y. GBA1 przesiewanie przeprowadza się przy użyciu algorytmu Gaucha, aby wykryć zdarzenia rekombinacji wpływające na region obejmujący eksony 9–11 (NM_000157.3), region o największej homologii do GBAP1
CentoGenome to idealne rozwiązanie do diagnostyki chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. Służy jako test pierwszego rzutu w celu ustalenia diagnozy molekularnej u pacjentów z podejrzeniem zaburzeń genetycznych lub jako test drugiego rzutu u pacjentów z negatywnymi wynikami wcześniejszych badań genetycznych. CentoGenome oferuje potencjalnie ekonomiczną alternatywę w ustalaniu diagnozy molekularnej w porównaniu z wykonywaniem wielu niezależnych badań molekularnych.
Najnowsze badania oraz oświadczenia i zalecenia Medical Genetic Society dotyczące klinicznego WGS wspierają jego stosowanie jako testu diagnostycznego pierwszego lub drugiego rzutu, gdy objawy pacjenta lub wywiad rodzinny sugerują genetyczną przyczynę chorób. 2–6 Dotyczy to zwłaszcza sytuacji, gdy rozpoznanie kliniczne wiąże się z wysokim poziomem heterogeniczności genetycznej, a WGS skutkuje istotną poprawą kliniczną i/lub jest bardziej opłacalnym podejściem. Na przykład, American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) zaleca stosowanie sekwencjonowania eksomu/genomu jako testu pierwszego rzutu u dzieci z niepełnosprawnością intelektualną, opóźnieniami rozwojowymi lub wieloma wrodzonymi anomaliami. 5 Szczególnie zalecamy stosowanie CentoGenome pacjentom w następujących przypadkach:
Objawy są bardzo szerokie, złożone i niespecyficzne, nie wskazują na konkretną chorobę ani typowy fenotyp, jak np.:
Poprzednie badania nie pozwoliły na postawienie ostatecznej diagnozy, np.:
Szybka diagnoza jest koniecznością medyczną i nie zawsze jest czas na strategie seryjnych badań, jak widać w przypadku:
W jednym z naszych badań WGS, w którym WGS wykonano w warunkach klinicznych na jednej z największych dotychczas grup pacjentów, wykazaliśmy siłę diagnostyczną WGS jako najbardziej kompleksowego testu genetycznego oraz jego zalety w porównaniu z WES.7 Wyniki potwierdzają również, że WGS należy uważać za ‘standard opieki‘do testów genetycznych, a także jako samodzielny test pierwszego rzutu dla pacjentów cierpiących na rzadkie choroby.
Oferujemy elastyczne opcje testowania i usługi dodatkowe, aby zapewnić rozwiązania dopasowane do potrzeb Państwa pacjentów. Nasze usługi obejmują między innymi sekwencjonowanie całego genomu (WGS) dla trwających ciąż z nieprawidłowościami płodu (CentoGenome Prenatal), a także najnowocześniejsze multiomiczne rozwiązania WGS (CentoGenome MOx 1.0 i 2.0), integrujące różne zestawy danych w celu uzyskania jak najpełniejszego obrazu klinicznego. Więcej szczegółów znajduje się w poniższej tabeli.
Szybka diagnoza może mieć kluczowe znaczenie dla terminowej i właściwej interwencji medycznej. Kilka ostatnich badań pokazuje, jak wysoka skuteczność diagnostyczna i krótki czas oczekiwania na wynik badania WGS umożliwiają lepsze podejmowanie decyzji klinicznych u noworodków i dzieci w stanie krytycznym na oddziałach intensywnej terapii noworodków i noworodków (OITN).8–14 CentoGenome Ultra-Fast, czas realizacji w zaledwie 5 dni, jest wszechstronnym i dokładnym narzędziem, które potencjalnie usprawni podejmowanie kluczowych decyzji, gdy jest stosowany jako test pierwszego rzutu w diagnostyce krytycznie chorych noworodków lub dzieci.
Oferujemy elastyczne opcje testowania i dodatkowe usługi dostosowane do potrzeb pacjenta, połączone z dożywotnim wsparciem diagnostycznym za pośrednictwem bezpłatnego programu reklasyfikacji, a także niedrogą ponowną analizą na poziomie przypadku.
| Opcje i usługi dodatkowe | |||
|---|---|---|---|
| Projektowanie testowe* | Analiza genomu mitochondrialnego Solo, Duo, Trio i PLUS jest wykonywana wyłącznie na podstawie próbek pacjenta i matki. | ||
| Rozwiązania testowe | |||
| CentoGenome | WGS dla diagnostyki postnatalnej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnychCzas realizacji: ≤ 20 dni roboczych | ||
| CentoGenome MOx** | Rozwiązania do pojedynczych testów multiomicznych integrujące WGS z testami biochemicznymi i/lub sekwencjonowaniem RNA w celu wykrycia wariantów splicingu. CentoGenome MOx 1.0 i 2.0 do badań postnatalnych w kierunku chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. CentoGenome MOx 1.0 TAT: ≤ 20 dni roboczych. CentoGenome MOx 2.0 TAT: ≤ 35 dni roboczych. | ||
| CentoGenome Prenatal*** | WGS do diagnostyki prenatalnej (ciąża w toku), gdy podczas badania ultrasonograficznego wykryto nieprawidłowości strukturalne płodu lub nie można postawić diagnozy za pomocą rutynowych metod prenatalnych. Przyspieszone i priorytetowe badania, obejmujące hodowlę komórek i analizę zanieczyszczenia komórek matczynych (MCC) Czas realizacji: ≤ 15 dni roboczych | ||
| CentoGenome POC*** | WGS do badań diagnostycznych produktu poczęcia (straty ciąży) w przypadkach wewnątrzmacicznego obumarcia płodu lub urodzenia martwego płodu w celu lepszego zrozumienia przyczyny utraty płodu i ryzyka nawrotu lub gdy diagnozy nie można uzyskać przy użyciu rutynowych metod. Obejmuje hodowlę komórkową i analizę MCC. Czas realizacji: ≤ 20 dni roboczych. | ||
| Warianty CentoGenome | Surowe i przetworzone dane WGS (pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF wraz z przefiltrowanymi i opatrzonymi adnotacjami plikami wariantów w formacie XLS) dostępne do dalszych badań. Można je pobrać bezpłatnie za pośrednictwem CentoPortal przez okres 30 dni. Czas realizacji: ≤ 20 dni roboczych. | ||
| CentoGenome Ultra-Fast | Czas realizacji: ≤ 5 dni roboczych | ||
| Opcje dodatkowe | |||
| Szybkie przetwarzanie | ≤ 15 dni roboczych (nie dotyczy CentoGenome MOx 2.0) | ||
| Bezpłatne surowe dane | Dla wszystkich rozwiązań testowych wraz z raportami medycznymi dostępne są opcjonalnie zarówno dane surowe, jak i przetworzone. Dane te obejmują pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF, a także przefiltrowany i opatrzony adnotacjami plik wariantowy w formacie XLS. Dane te można pobrać bezpłatnie za pośrednictwem CentoPortal przez okres 30 dni. | ||
| Wsparcie diagnostyczne przez całe życie**** | Proaktywna reklasyfikacja na poziomie wariantu; raport z reklasyfikacji wydawany bez dodatkowych kosztów. Ponowna analiza na poziomie przypadku w przypadku niepewnych/negatywnych wyników (np. nowe informacje kliniczne, odstępy roczne) w przystępnej cenie. | ||
TAT: Czas realizacji; Czas realizacji liczony jest od momentu zarejestrowania próbki w laboratorium CENTOGENE Rostock do momentu przesłania raportu do CentoPortal.
* Solo: testowany jest tylko pacjent indeksowy dotknięty chorobą; Duo: testowany jest pacjent indeksowy i członek rodziny dotknięty chorobą lub nie dotknięty chorobą; Trio: testowany jest pacjent indeksowy i dwóch członków rodziny, dotkniętych chorobą lub nie dotkniętych chorobą; PLUS: testowany jest dodatkowy członek rodziny poza Trio
** Więcej szczegółów na temat naszych rozwiązań Multiomic .
*** Analiza genomu mitochondrialnego w oparciu o WGS i badania przesiewowe w kierunku UPD, ekspansji powtórzeń, CNV SMN1 / SMN2 i konwersji genu GBA1 nie są oferowane ze względu na ograniczenia techniczne. Więcej informacji na temat badań prenatalnych .
**** Ponowna analiza przypadku jest dostępna tylko dla zamówień z oryginalnymi danymi sekwencyjnymi od sierpnia 2020 r. Więcej informacji na temat Programu Reklasyfikacji Wariantów .
Określenie wariantów powodujących choroby wśród milionów jest trudne. NEW CentoGenome wykorzystuje nasze doświadczenie w analizie dziesiątek tysięcy genomów/eksomów pacjentów z całego świata, aby pomóc w diagnozowaniu pacjentów z podejrzeniem chorób o podłożu genetycznym.
Wybierając nasze usługi WGS, lekarze, pacjenci i partnerzy mogą mieć pewność, że otrzymają wysokiej jakości sekwencjonowanie, wykorzystujące najnowocześniejszą technologię WGS PCR bez PCR, w połączeniu z zaawansowaną analizą danych za pomocą naszego w pełni zautomatyzowanego systemu bioinformatycznego CE-IVD. Następnie nasz zespół wysoko wykwalifikowanych genetyków klinicznych i naukowców skrupulatnie interpretuje dane, weryfikując każdy raport medyczny. Przeprowadzamy bezpłatne wewnętrzne testy potwierdzające, wykorzystując w razie potrzeby metody ortogonalne, a także korzystamy z bazy danych CENTOGENE Biodatabank w celu potwierdzenia wyników i walidacji patogenności wariantów, gwarantując dostarczanie najlepszych w swojej klasie raportów medycznych.
Raporty z badań zawsze zawierają jasne, praktyczne wyniki kliniczne, zalecenia i opcje dalszego postępowania. Są one oparte na fenotypie i koncentrują się na raportowaniu ustaleń związanych z obrazem klinicznym pacjenta/wskazaniami.
Więcej informacji znajdziesz na stronie internetowej poświęconej raportowaniu medycznemu .
Dalsze kliniczne i genetyczne dowody dysfunkcji kompleksu ASC-1 w wrodzonej chorobie nerwowo-mięśniowej
Alternatywne łączenie BUD13 określa ciężkość zaburzeń rozwojowych z lipodystrofią i cechami progeroidalnymi
Zalecenia dotyczące sekwencjonowania całego genomu w diagnostyce chorób rzadkich
Nasza globalna sieć obsługi klienta i ekspertów będzie Cię wspierać na każdym kroku.
Wyślij nam wiadomośćWsparcie regionalne1 Dane w archiwum CENTOGENE; 2 Boycott i in. 2015, PMID: 25951830; 3 Oddział Genetyki Medycznej Chińskiego Stowarzyszenia Lekarzy Medycyny 2019, PMID: 31216797; 4 Manickam i in. 2021, PMID: 34211152; 5 Sachdev i in. 2021, PMID: 33566436; 6 Souche i in. 2022, PMID: 35577938; 7 Bertoli-Avella i in. 2020, PMID: 32860008; 8 Kingsmore i in. 2019, PMID: 31564432; 9 Petrikin i in. 2018, PMID: 29449963; 10 Soden i in. 2014; PMID: 25473036; 11 Van Diemen i in. 2017, PMID: 28939701; 12 Willig i in. 2015, PMID: 25937001; 13 Jezkova i in. 2022, PMID: 36086948 ; 14 Saunders i in. 2012, PMID: 23035047; 15 Zasoby dotyczące genomu klinicznego. https://www.clinicalgenome.org/ ; 16 Miller i in. 2021, PMID: 34012069; 17 Richards i in. 2015, PMID: 25741868
