Szybkie i wiarygodne ustalenie rozpoznania w chorobach rzadkich i neurodegeneracyjnych może być trudne nawet dla najbardziej doświadczonych lekarzy. Dzięki najnowszym osiągnięciom technologicznym, zastosowaniu sekwencjonowania całego genomu (WGS) jako badania pierwszego wyboru oraz coraz lepszemu zrozumieniu czynników genetycznych to wyzwanie jest dziś łatwiejsze do pokonania niż kiedykolwiek wcześniej.
Rozszerzone rozwiązanie WGS firmy CENTOGENE – CentoGenome – to jedno z najbardziej kompleksowych na świecie narzędzi do diagnostyki chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. W ramach jednego badania zapewnia niezrównane pokrycie genomu i potencjał diagnostyczny. To nowoczesne rozwiązanie łączy technologię najwyższej klasy, opartą na usprawnionym potoku bioinformatycznym z oznakowaniem CE-IVD, z interpretacją prowadzoną przez ekspertów medycznych z wykorzystaniem bazy CENTOGENE Biodatabank. CentoGenome pozwala w jednym badaniu wykryć niemal wszystkie typy wariantów – od wariantów sekwencji po bardziej złożone zmiany, takie jak zmiany liczby kopii (CNV), disomia jednorodzicielska (UPD) i ekspansje powtórzeń.
Dzięki technologii bez amplifikacji PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy, ang. PCR-free) badanie CentoGenome znacząco ogranicza zniekształcenia (ang. bias) i dostarcza wysokiej jakości danych sekwencyjnych dla regionów genomu trudnych do sekwencjonowania. Zapewnia to pełniejszy obraz regionów kodujących, regulatorowych i intronowych.
Jako światowy lider i zaufany partner CENTOGENE bezpłatnie i z własnej inicjatywy zapewnia potwierdzenie rozpoznania oraz reklasyfikację wariantów, gdy jest to konieczne.
Badanie CentoGenome wykorzystuje zaawansowaną analizę danych prowadzoną w naszym potoku bioinformatycznym z oznakowaniem CE-IVD oraz interpretację ekspertów medycznych opartą na bazie CENTOGENE Biodatabank. Zapewnia to wykrywanie wariantów na najwyższym poziomie.
Wszystkie korzyści i jakość CentoGenome w zaledwie 5 dni roboczych
CentoGenome to badanie pierwszego wyboru i jedno z najbardziej kompleksowych komercyjnie dostępnych na rynku badań WGS w kierunku chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. W jednym oznaczeniu obejmuje niemal wszystkie warianty wywołujące choroby, w tym większość znanych ekspansji powtórzeń związanych z chorobami neurologicznymi1. CentoGenome wykrywa również – z najwyższą czułością – zmiany liczby kopii (CNV) związane z rdzeniowym zanikiem mięśni (SMA), a także warianty wywołujące chorobę Gauchera (GD) i warianty związane z podatnością na chorobę Parkinsona (PD) zależną od genu GBA1.
Nowo opracowane oznaczenie WGS wykorzystuje podejście PCR-free. Znacząco ogranicza to typowe zniekształcenia (ang. bias) powstające podczas PCR i pozwala uzyskać dane sekwencyjne wyższej jakości w regionach genomu zwykle trudnych do sekwencjonowania, dzięki bardziej równomiernemu pokryciu i lepszej skuteczności wykrywania wariantów.
| Kluczowe cechy i parametry | |
|---|---|
| Równomierne pokrycie genomu |
|
| Zaawansowane i czułe wykrywanie wariantów |
|
| Udoskonalone wykrywanie wariantów związanych z SMA oraz GD/PD*** |
|
SNV: warianty pojedynczego nukleotydu; InDel: małe insercje/delecje; SV: warianty strukturalne; CNV: zmiany liczby kopii; UPD: disomia jednorodzicielska; mtDNA: mitochondrialny DNA
* Warianty niskiej jakości i/lub o niejednoznacznej zygotyczności są potwierdzane metodami ortogonalnymi: SNV i InDel – sekwencjonowaniem metodą Sangera; CNV – metodą multipleksowej amplifikacji sond zależnej od ligacji (MLPA), ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (qPCR) lub mikromacierzy chromosomowej (CMA). W razie potrzeby gwarantowane jest również wewnętrzne badanie potwierdzające metodą ortogonalną dla raportowanych wariantów związanych z chorobami z ekspansją powtórzeń, UPD, CNV genów SMN1/SMN2 oraz zdarzeń konwersji między GBA1 a GBAP1 – odpowiednio za pomocą analizy długości fragmentów (FLA), CMA, MLPA i qPCR.
** Badanie przesiewowe w kierunku UPD jest wykonywane za pomocą autorskiego algorytmu wykrywającego błędy dziedziczenia mendlowskiego (MIE), który identyfikuje regiony homozygotyczności (ROH) w dobrze poznanych, istotnych klinicznie regionach chromosomowych. Badanie przesiewowe w kierunku ekspansji powtórzeń jest wykonywane za pomocą narzędzia ExpansionHunter.
*** Badanie przesiewowe w kierunku SMA jest wykonywane za pomocą algorytmu SMN Caller, który wykrywa CNV genów SMN1/SMN2. Badanie przesiewowe genu GBA1 jest wykonywane za pomocą algorytmu Gauchian, który wykrywa zdarzenia rekombinacji w regionie obejmującym eksony 9–11 (NM_000157.3), czyli w regionie o największej homologii z GBAP1.
Badanie CentoGenome to idealne rozwiązanie w diagnostyce chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. Może być stosowane jako badanie pierwszego wyboru w celu ustalenia rozpoznania molekularnego u pacjentów z podejrzeniem choroby genetycznej albo jako badanie drugiego wyboru u pacjentów z negatywnym wynikiem wcześniejszych badań genetycznych. W porównaniu z wykonywaniem wielu niezależnych badań molekularnych CentoGenome może być efektywną kosztowo alternatywą w ustalaniu rozpoznania molekularnego.
Najnowsze badania oraz stanowiska i rekomendacje towarzystw genetyki medycznej dotyczące klinicznego zastosowania WGS wskazują na nie jako badanie pierwszego lub drugiego wyboru, gdy objawy pacjenta lub wywiad rodzinny sugerują genetyczne podłoże choroby.2–6 Dotyczy to zwłaszcza sytuacji, w których rozpoznanie kliniczne wiąże się z dużą heterogennością genetyczną oraz gdy WGS przekłada się na istotną klinicznie poprawę i/lub jest podejściem bardziej efektywnym kosztowo. Na przykład American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) zaleca sekwencjonowanie eksomu/genomu jako badanie pierwszego wyboru u dzieci z niepełnosprawnością intelektualną, opóźnieniem rozwoju lub mnogimi wadami wrodzonymi.5 Badanie CentoGenome szczególnie polecamy pacjentom w następujących sytuacjach:
Objawy są bardzo szerokie, złożone i niespecyficzne, nie wskazują na konkretną chorobę ani typowy fenotyp, jak np.:
Poprzednie badania nie pozwoliły na postawienie ostatecznej diagnozy, np.:
Szybka diagnoza jest koniecznością medyczną i nie zawsze jest czas na strategie seryjnych badań, jak widać w przypadku:
W jednym z naszych badań, w którym WGS wykonano w warunkach klinicznych w jednej z największych dotychczas opisanych kohort pacjentów, wykazaliśmy potencjał diagnostyczny WGS jako najbardziej kompleksowego badania genetycznego oraz jego przewagę nad WES.7 Wyniki przemawiają także za tym, aby WGS uznać za „standard postępowania” w badaniach genetycznych, a także za samodzielne badanie pierwszego wyboru u pacjentów z chorobami rzadkimi.
Oferujemy elastyczne opcje badań i usługi dodatkowe, dopasowane do potrzeb pacjentów. Nasza oferta obejmuje m.in. sekwencjonowanie całego genomu (WGS) w trwającej ciąży, gdy u płodu stwierdzono nieprawidłowości (CentoGenome Prenatal), a także nowoczesne multiomiczne rozwiązania WGS (CentoGenome MOx 1.0 i 2.0), które łączą różne zbiory danych, aby uzyskać możliwie najpełniejszy obraz kliniczny. Szczegóły przedstawiamy w tabeli poniżej.
Szybkie rozpoznanie może mieć kluczowe znaczenie dla podjęcia właściwej interwencji medycznej we właściwym czasie. Kilka najnowszych badań pokazuje, że wysoki odsetek rozpoznań i krótki czas realizacji WGS pozwalają podejmować lepsze decyzje kliniczne u ciężko chorych noworodków i dzieci hospitalizowanych na oddziałach intensywnej terapii noworodka (OITN) i dziecięcej (OITD).8–14 Badanie CentoGenome Ultra-Fast, z czasem realizacji wynoszącym zaledwie 5 dni, jest kompleksowym i dokładnym narzędziem, które – stosowane jako badanie pierwszego wyboru w diagnostyce ciężko chorych noworodków lub dzieci – może potencjalnie usprawnić podejmowanie kluczowych decyzji.
Oferujemy elastyczne opcje badań i usługi dodatkowe, dopasowane do potrzeb pacjenta. Uzupełnia je wsparcie diagnostyczne przez całe życie w ramach bezpłatnego programu reklasyfikacji wariantów, a także ponowna analiza danych w przystępnej cenie.
| Opcje i usługi dodatkowe | |||
|---|---|---|---|
| Konfiguracja badania* | Solo, Duo, Trio i PLUS Analiza genomu mitochondrialnego jest wykonywana wyłącznie na próbkach probanta i matki | ||
| Rodzaje badań | |||
| CentoGenome | WGS dla diagnostyki postnatalnej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. Czas realizacji: ≤ 20 dni roboczych | ||
| CentoGenome MOx** | Jednoetapowe rozwiązania multiomiczne łączące WGS z badaniami biochemicznymi i/lub RNA-seq w kierunku wariantów splicingowych CentoGenome MOx 1.0 i 2.0 w diagnostyce postnatalnej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych Czas realizacji CentoGenome MOx 1.0: do 20 dni roboczych Czas realizacji CentoGenome MOx 2.0: do 35 dni roboczych | ||
| CentoGenome Prenatal*** | WGS w diagnostyce prenatalnej (w trwającej ciąży), gdy w badaniu USG stwierdzono nieprawidłowości strukturalne płodu lub nie udało się ustalić rozpoznania rutynowymi metodami diagnostyki prenatalnej Badanie przyspieszone, wykonywane w trybie priorytetowym; obejmuje hodowlę komórkową i analizę kontaminacji komórkami matczynymi (MCC) Czas realizacji: do 15 dni roboczych | ||
| CentoGenome POC*** | WGS w diagnostyce materiału z poronienia (utrata ciąży) w przypadku wewnątrzmacicznego obumarcia płodu lub urodzenia martwego dziecka – w celu lepszego zrozumienia przyczyny utraty ciąży i ryzyka jej ponownego wystąpienia – lub gdy nie udało się ustalić rozpoznania rutynowymi metodami Obejmuje hodowlę komórkową i analizę MCC Czas realizacji: do 20 dni roboczych | ||
| Warianty CentoGenome | Surowe i przetworzone dane WGS (pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF wraz z przefiltrowanymi i opatrzonymi adnotacjami plikami wariantów w formacie XLS) dostępne do dalszych badań. Można je pobrać bezpłatnie za pośrednictwem CentoPortal przez okres 30 dni. Czas realizacji: ≤ 20 dni roboczych. | ||
| CentoGenome Ultra-Fast | Czas realizacji: ≤ 5 dni roboczych | ||
| Opcje dodatkowe | |||
| Realizacja w trybie FAST | ≤ 15 dni roboczych (nie dotyczy CentoGenome MOx 2.0) | ||
| Bezpłatny dostęp do danych surowych | Do wszystkich badań, którym towarzyszy raport medyczny, można opcjonalnie otrzymać zarówno dane surowe, jak i przetworzone. Obejmują one pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF oraz przefiltrowany plik z wariantami opatrzonymi adnotacjami w formacie XLS. Dane są dostępne do bezpłatnego pobrania na platformie CentoPortal przez 30 dni. | ||
| Wsparcie diagnostyczne przez całe życie**** | Reklasyfikacja poszczególnych wariantów z własnej inicjatywy; raport z reklasyfikacji wydawany bez dodatkowych opłat Ponowna analiza całego przypadku przy wyniku niejednoznacznym lub negatywnym (np. gdy pojawią się nowe informacje kliniczne lub w odstępach rocznych) w przystępnej cenie | ||
Czas realizacji: liczony od momentu rejestracji próbki w laboratorium CENTOGENE w Rostocku do chwili udostępnienia raportu na platformie CentoPortal.
* Solo: badany jest wyłącznie chory probant; Duo: badany jest probant oraz chory lub zdrowy członek rodziny; Trio: badany jest probant oraz dwoje członków rodziny, chorych lub zdrowych; PLUS: badani są dodatkowi członkowie rodziny poza konfiguracją Trio
** Więcej informacji o naszych rozwiązaniach multiomicznych.
*** Ze względu na ograniczenia techniczne nie oferujemy opartej na WGS analizy genomu mitochondrialnego ani badań przesiewowych w kierunku UPD, ekspansji powtórzeń, CNV genów SMN1/SMN2 i konwersji genu GBA1. Więcej informacji o diagnostyce prenatalnej.
**** Ponowna analiza przypadku jest dostępna wyłącznie dla zleceń, w których pierwotne dane sekwencyjne uzyskano od sierpnia 2020 r. Więcej informacji o programie reklasyfikacji wariantów.
Wskazanie wariantów wywołujących chorobę spośród milionów innych to wyzwanie. NOWE badanie CentoGenome wykorzystuje nasze doświadczenie w analizie dziesiątek tysięcy genomów i eksomów pacjentów z całego świata, aby wspierać diagnostykę pacjentów z podejrzeniem chorób o podłożu genetycznym.
Wybierając nasze usługi WGS, lekarze, pacjenci i partnerzy mogą mieć pewność, że otrzymają sekwencjonowanie wysokiej jakości, oparte na najnowocześniejszej technologii WGS PCR-free i połączone z zaawansowaną analizą danych w naszym w pełni zautomatyzowanym potoku bioinformatycznym z oznakowaniem CE-IVD. Następnie nasz zespół wysoko wykwalifikowanych genetyków klinicznych i naukowców starannie interpretuje dane, a każdy raport medyczny podlega wzajemnej weryfikacji. W razie potrzeby bezpłatnie wykonujemy wewnętrzne badania potwierdzające metodami ortogonalnymi i korzystamy z bazy CENTOGENE Biodatabank, aby potwierdzić wyniki i patogenność wariantów. Dzięki temu dostarczamy raporty medyczne najwyższej klasy.
Raporty z badań zawsze zawierają jasno przedstawione wyniki kliniczne, które można wykorzystać w dalszym postępowaniu, a także zalecenia i możliwe dalsze kroki. Raporty są ukierunkowane na fenotyp i skupiają się na wynikach związanych z obrazem klinicznym pacjenta i wskazaniami do badania.
Więcej informacji znajdziesz na stronie internetowej poświęconej raportowaniu medycznemu .
Dalsze kliniczne i genetyczne dowody dysfunkcji kompleksu ASC-1 w wrodzonej chorobie nerwowo-mięśniowej
Alternatywne łączenie BUD13 określa ciężkość zaburzeń rozwojowych z lipodystrofią i cechami progeroidalnymi
Zalecenia dotyczące sekwencjonowania całego genomu w diagnostyce chorób rzadkich
Nasz globalny zespół obsługi klienta i ekspertów będzie Cię wspierać na każdym kroku.
Wyślij nam wiadomośćWsparcie regionalne1 Dane w archiwum CENTOGENE; 2 Boycott i in. 2015, PMID: 25951830; 3 Oddział Genetyki Medycznej Chińskiego Stowarzyszenia Lekarzy Medycyny 2019, PMID: 31216797; 4 Manickam i in. 2021, PMID: 34211152; 5 Sachdev i in. 2021, PMID: 33566436; 6 Souche i in. 2022, PMID: 35577938; 7 Bertoli-Avella i in. 2020, PMID: 32860008; 8 Kingsmore i in. 2019, PMID: 31564432; 9 Petrikin i in. 2018, PMID: 29449963; 10 Soden i in. 2014; PMID: 25473036; 11 Van Diemen i in. 2017, PMID: 28939701; 12 Willig i in. 2015, PMID: 25937001; 13 Jezkova i in. 2022, PMID: 36086948 ; 14 Saunders i in. 2012, PMID: 23035047; 15 Zasoby dotyczące genomu klinicznego. https://www.clinicalgenome.org/ ; 16 Miller i in. 2021, PMID: 34012069; 17 Richards i in. 2015, PMID: 25741868
