Sekwencjonowanie całego eksomu (WES) to kompleksowe badanie genetyczne, które identyfikuje zmiany w DNA pacjenta będące przyczyną jego problemów zdrowotnych lub z nimi związane. Ponieważ WES obejmuje wszystkie regiony genomu kodujące białka, czyli eksom, zapewnia pokrycie potrzebne do szybkiego i wiarygodnego ustalenia rozpoznania.
Mniej przeszkód w diagnostyce chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych dzięki badaniu CentoXome
Znanych jest ponad 7000 chorób rzadkich, a około 80 % z nich ma podłoże genetyczne. Dlatego ustalenie rozpoznania u pacjentów z chorobą rzadką bywa trudne i często prowadzi do długiej, kosztownej i obciążającej emocjonalnie odysei diagnostycznej.1,2
Dzięki WES nie musi tak być. Eksom zawiera większość (ok. 85 %) znanych zmian wywołujących choroby, dlatego WES pozwala ustalić przyczynę choroby rzadkiej w krótszym czasie i przy niższych kosztach całkowitych, co przekłada się na lepsze wyniki leczenia pacjentów. Badaniem CentoXome przenieśliśmy WES na wyższy poziom. Rozszerzone badanie zapewnia w jednym teście niezrównany zakres kliniczny i potencjał diagnostyczny. Przy projektowaniu produktu i interpretacji medycznej wykorzystujemy największe na świecie repozytorium danych z praktyki klinicznej dotyczących chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych – bazę CENTOGENE Biodatabank.
Technologia najwyższej klasy opracowana przez ekspertów w diagnostyce multiomicznej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych, połączona z wyjątkowym zakresem klinicznym i niezrównanym potencjałem diagnostycznym w jednym badaniu
Wnioski najwyższej klasy oparte na potoku bioinformatycznym CENTOGENE z oznakowaniem CE-IVD i bazie CENTOGENE Biodatabank
Dożywotnie wsparcie ze strony zespołu oddanego poprawie życia pacjentów z chorobami rzadkimi
Konstrukcja badania CentoXome i sposób jego realizacji zapewniają idealną jakość i parametry. Za badaniem stoi światowy lider i zaufany partner w diagnostyce chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. W jednym badaniu oferuje ono wyjątkowy zakres kliniczny i niezrównany potencjał diagnostyczny. Połączenie wiedzy z bazy CENTOGENE Biodatabank, dotyczącej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych, z technologią omiczną najwyższej klasy daje rozwiązanie o wyższym odsetku rozpoznań niż standardowe WES.3–12
| Kluczowe cechy i parametry | |
|---|---|
| Szerokie i jednolite pokrycie eksomu i genomu mitochondrialnego | Wysoce równomierne pokrycie całego eksomu (ok. 20 000 genów), granic egzon–intron (±10 pz) oraz pełnego genomu mitochondrialnego (37 genów) Co najmniej 98 % regionów docelowych pokrytych z głębokością odczytu ≥20× |
| Lepsze pokrycie regionów istotnych klinicznie | Lepsze pokrycie genów związanych z chorobami (OMIM®, HGMD®, CENTOGENE Biodatabank) – co najmniej 99 % regionów docelowych pokrytych z głębokością odczytu ≥20× Pokrycie znanych wariantów istotnych klinicznie w regionach kodujących i niekodujących (HGMD®, ClinVar, CENTOGENE Biodatabank) |
| Zaawansowane i czułe wykrywanie wariantów | Wykrywanie SNV, InDel i SV – w tym CNV od zmian na poziomie pojedynczych egzonów po zmiany na poziomie cytogenomowym – oraz wariantów mtDNA o poziomie heteroplazmii ≥15 %. Czułość SNV i InDel (≤50 pz): ponad 99,6 % CNV:*ponad 95,0 % Gwarantowana swoistość powyżej 99,9 % dla wszystkich raportowanych wariantów**Wykrywanie UPD*** w dobrze poznanych, istotnych klinicznie regionach chromosomowych: 6q24, 7, 11p15.5, 14q32, 15q11q13, 20q13 i 20 |
SNV: warianty pojedynczego nukleotydu; InDel: małe insercje/delecje; CNV: zmiany liczby kopii; UPD: disomia jednorodzicielska; mtDNA: mitochondrialny DNA.
* Czułość oprogramowania do wykrywania CNV wynosi ponad 95 %; może być jednak niższa w przypadku regionów powtarzalnych i homologicznych, takich jak pseudogeny, oraz zmian obejmujących nie więcej niż dwa egzony.
** Warianty niskiej jakości i/lub o niejednoznacznej zygotyczności są potwierdzane metodami ortogonalnymi: SNV i InDel – sekwencjonowaniem metodą Sangera; CNV – metodą multipleksowej amplifikacji sond zależnej od ligacji (MLPA), ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (qPCR) lub mikromacierzy chromosomowej (CMA).
*** Badanie przesiewowe w kierunku UPD jest wykonywane za pomocą autorskiego algorytmu wykrywającego błędy dziedziczenia mendlowskiego (MIE), który identyfikuje regiony homozygotyczności (ROH) w dobrze poznanych, istotnych klinicznie regionach chromosomowych. W razie potrzeby gwarantowane jest wewnętrzne badanie potwierdzające metodą CMA.
Badanie CentoXome to szybkie i efektywne kosztowo rozwiązanie w diagnostyce chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. Może być stosowane zarówno jako badanie pierwszego, jak i drugiego wyboru w celu ustalenia rozpoznania molekularnego u pacjentów z podejrzeniem choroby genetycznej lub z negatywnym wynikiem wcześniejszych badań genetycznych.3, 5, 11 Ponadto może stanowić efektywną kosztowo alternatywę dla wielu niezależnych badań molekularnych, usprawniając w ten sposób proces diagnostyczny.
WES tradycyjnie zalecano, gdy pacjent prezentuje złożony, heterogenny fenotyp sugerujący wiele chorób lub gdy wcześniejsze badania genetyczne nie dały jednoznacznego wyniku. W ostatnich latach jego zastosowanie w praktyce klinicznej znacząco wzrosło i przewyższyło standardowe badania genetyczne, takie jak analiza pojedynczych genów, panele NGS i analiza mikromacierzy chromosomowej.4, 10, 13–15 Przybywa też dowodów na korzyści ekonomiczne ze stosowania WGS/WES jako badania pierwszego wyboru.16–18 Wytyczne ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) i innych towarzystw medycznych zalecają sekwencjonowanie eksomu/genomu jako badanie pierwszego lub drugiego wyboru, gdy objawy pacjenta lub wywiad rodzinny sugerują genetyczne podłoże choroby.19–22 Ponadto wyniki WES mogą przyczynić się do szybszego ustalenia rozpoznania, skuteczniejszej profilaktyki objawowej postaci choroby, bardziej ukierunkowanego leczenia, a nawet wyeliminować potrzebę niektórych kosztownych lub inwazyjnych procedur.10, 14, 15, 19, 23
Badanie CentoXome szczególnie polecamy pacjentom, gdy:
Oferujemy elastyczne opcje badań i usługi dodatkowe, dzięki którym analizę CentoXome można dopasować do potrzeb pacjenta. Należą do nich m.in. WES w diagnostyce prenatalnej w trwającej ciąży, gdy u płodu stwierdzono nieprawidłowości (CentoXome Prenatal), a także multiomiczne rozwiązania WES (CentoXome MOx 1.0 i 2.0). Łączą one różne zbiory danych i są wysoce skutecznym narzędziem wczesnej diagnostyki chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych.
Dbamy o poprawę życia pacjentów z chorobami rzadkimi i neurodegeneracyjnymi. Dlatego badaniu CentoXome towarzyszy wsparcie diagnostyczne przez całe życie w ramach bezpłatnego programu reklasyfikacji wariantów, realizowanego z naszej inicjatywy, a także ponowna analiza całego przypadku w przystępnej cenie, gdy wynik jest niejednoznaczny lub negatywny. Odsetek rozpoznań w WES stale rośnie dzięki szybkiemu tempu odkrywania nowych związków między genami a chorobami. Szacuje się, że dzięki reklasyfikacji i ponownej analizie danych genomowych rozpoznanie można ustalić u około 10–20 % pacjentów, u których wcześniej go nie ustalono.15, 24
| Opcje i usługi dodatkowe | |||
|---|---|---|---|
| Konfiguracja badania* | Solo, Duo, Trio i PLUS Analiza genomu mitochondrialnego jest wykonywana wyłącznie na próbkach probanta i matki | ||
| Rodzaje badań | CentoXome | WES w diagnostyce postnatalnej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. Czas realizacji: do 30 dni roboczych | |
| CentoXome MOx** | Jednoetapowe rozwiązania multiomiczne łączące WES z badaniami biochemicznymi i/lub RNA-seq w kierunku wariantów splicingowych CentoXome MOx 1.0 i 2.0 w diagnostyce postnatalnej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych Czas realizacji CentoXome MOx 1.0: do 30 dni roboczych Czas realizacji CentoXome MOx 2.0: do 35 dni roboczych | ||
| CentoXome Prenatal*** | WES w diagnostyce prenatalnej (w trwającej ciąży), gdy w badaniu USG stwierdzono nieprawidłowości strukturalne płodu lub nie udało się ustalić rozpoznania rutynowymi metodami diagnostyki prenatalnej Badanie przyspieszone, wykonywane w trybie priorytetowym; obejmuje hodowlę komórkową i analizę kontaminacji komórkami matczynymi (MCC) Czas realizacji: do 15 dni roboczych | ||
| CentoXome POC*** | WES w diagnostyce materiału z poronienia (utrata ciąży) w przypadku wewnątrzmacicznego obumarcia płodu lub urodzenia martwego dziecka – w celu lepszego zrozumienia przyczyny utraty ciąży i ryzyka jej ponownego wystąpienia – lub gdy nie udało się ustalić rozpoznania rutynowymi metodami Obejmuje hodowlę komórkową i analizę MCC Czas realizacji: do 30 dni roboczych | ||
| Warianty CentoXome | Dane surowe i przetworzone z WES (pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF oraz przefiltrowane pliki z wariantami opatrzonymi adnotacjami w formacie XLS) dostępne do dalszych analiz badawczych Do bezpłatnego pobrania na platformie CentoPortal przez 30 dni Czas realizacji: do 20 dni roboczych | ||
| Opcje dodatkowe | Realizacja w trybie FAST | ≤ 15 dni roboczych (nie dotyczy CentoXome MOx 2.0) | |
| Bezpłatny dostęp do danych surowych | Do wszystkich badań, którym towarzyszy raport medyczny, można opcjonalnie otrzymać zarówno dane surowe, jak i przetworzone. Obejmują one pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF oraz przefiltrowany plik z wariantami opatrzonymi adnotacjami w formacie XLS. Dane są dostępne do bezpłatnego pobrania na platformie CentoPortal przez 30 dni. | ||
| Wsparcie diagnostyczne przez całe życie**** | Reklasyfikacja poszczególnych wariantów z własnej inicjatywy; raport z reklasyfikacji wydawany bez dodatkowych opłat Ponowna analiza całego przypadku przy wyniku niejednoznacznym lub negatywnym (np. gdy pojawią się nowe informacje kliniczne lub w odstępach rocznych) w przystępnej cenie | ||
Czas realizacji (ang. turnaround time, TAT)
* Solo: badany jest wyłącznie chory probant; Duo: badany jest probant oraz chory lub zdrowy członek rodziny; Trio: badany jest probant oraz dwoje członków rodziny, chorych lub zdrowych; PLUS: badani są dodatkowi członkowie rodziny poza konfiguracją Trio.
** Więcej informacji o naszych rozwiązaniach multiomicznych.
*** Ze względu na ograniczenia techniczne nie oferujemy opartej na WES analizy genomu mitochondrialnego ani badania przesiewowego w kierunku UPD. Więcej informacji o diagnostyce prenatalnej.
**** Ponowna analiza przypadku jest dostępna wyłącznie dla zleceń, w których pierwotne dane sekwencyjne uzyskano od sierpnia 2020 r. Więcej informacji o programie reklasyfikacji wariantów.
Wybierając nasze badanie WES, lekarze, pacjenci i partnerzy mogą mieć pewność, że otrzymają sekwencjonowanie wysokiej jakości, połączone z najlepszą analizą i interpretacją danych, udokumentowane w kompleksowych raportach medycznych. Dzięki połączeniu danych z pogłębionego fenotypowania z danymi genotypowymi w naszym potoku bioinformatycznym z oznakowaniem CE-IVD CENTOGENE precyzyjnie identyfikuje warianty wywołujące choroby i dostarcza raporty kliniczne najwyższej klasy.
Badanie CentoXome zawsze obejmuje raport medyczny oparty na naszym doświadczeniu w interpretacji klinicznej, danych o wariantach najwyższej klasy po kuracji z bazy CENTOGENE Biodatabank oraz międzynarodowych wytycznych dobrej praktyki. Zespół wysoko wykwalifikowanych genetyków klinicznych i naukowców interpretuje dane, a każdy raport medyczny podlega wzajemnej weryfikacji. Wszystkie dotychczasowe klasyfikacje wysokiej jakości są poddawane kuracji i kodyfikowane w bazie CENTOGENE Biodatabank, która stanowi punkt odniesienia przy podejmowaniu decyzji diagnostycznych i klasyfikacji wariantów.
Raporty z badań zawsze zawierają jasno przedstawione wyniki kliniczne, które można wykorzystać w dalszym postępowaniu, a także zalecenia i możliwe dalsze kroki. Raporty są ukierunkowane na fenotyp i skupiają się na wynikach związanych z obrazem klinicznym pacjenta i wskazaniami do badania.
Więcej informacji znajdziesz na stronie internetowej poświęconej raportowaniu medycznemu .
Dysregulacja odporności spowodowana mutacjami homozygotycznymi w genie CBLB
Dalsze kliniczne i genetyczne dowody dysfunkcji kompleksu ASC-1 w wrodzonej chorobie nerwowo-mięśniowej
Alternatywne łączenie BUD13 określa ciężkość zaburzeń rozwojowych z lipodystrofią i cechami progeroidalnymi
Nasz globalny zespół obsługi klienta i ekspertów będzie Cię wspierać na każdym kroku.
Wyślij nam wiadomośćWsparcie regionalne1 RARE Facts – Global Genes ; 2 NIH Genetics and Rare Disease (GARD) ; 3 Cheema i in. 2020, PMID: 33083013; 4 Clark i in. 2018, PMID: 30002876; 5 Dane w archiwum CENTOGENE; 6 Gross i in. 2018, PMID: 30293986; 7 Posey i in. 2019, PMID: 31234920; 8 Schon i in. 2020, PMID: 32674947; 9 Scuffins i in. 2021, PMID: 33495530; 10 Stark i in. 2016, PMID: 26938784; 11 Trujillano i in. 2017, PMID: 27848944; 12 Wagner i in. 2019, PMID: 31059585; 13 Srivastava i in. 2019, PMID: 31182824; 14 Smitha. i in.2019, PMID: 29760485; 15 Vissers i in. 2017, PMID: 28333917; 16 Bowling i in. 2017, PMID: 28554332; 17 Malinowski i in. 2020, PMID: 32203227; 18 Trosman i in. 2020, PMID: 31501586); 19 Manickham i in. 2021, PMID: 34211152; 20 Matthijs i in. 2016, PMID: 2762856; 21 Souche i in. 2022, PMID: 35577938; 22 Boycott i in. 2015, PMID: 25951830); 23 Liu i in. 2019, PMID: 31216405; 24 Wright i in. 2018, PMID: 29323667; 25 Zasoby dotyczące genomu klinicznego. www.clinicalgenome.org ; 26 Miller i in. 2021, PMID: 34012069; 27 Richards i in. 2015, PMID: 25741868.
