Wysokiej jakości raporty medyczne są kluczem do zbudowania zaufanego partnerstwa.
W CENTOGENE stawiamy naszych pacjentów na pierwszym miejscu, co znajduje odzwierciedlenie w naszych raportach medycznych, które są zorientowane na pacjenta. W całym procesie przeprowadzane są kontrole jakości, aby zapewnić najwyższą jakość analizy i interpretacji danych.
Integracja kliniczna oraz interpretacja na poziomie analizy genotyp–fenotyp są przedstawiane w zwięzłym podsumowaniu w sekcji Interpretacja oraz w formie Piktogramu, co pozwala lekarzowi szybko zrozumieć wynik badania. Klasyfikację wariantów prowadzą nasi doświadczeni specjaliści w ramach intensywnych i kompleksowych procesów, zgodnie z zaleceniami ACMG i ClinGen. Proces klasyfikacji jest w znacznym stopniu wspierany przez CENTOGENE Biodatabank — bazę obejmującą obecnie ponad 1 mln pacjentów z ponad 120 krajów o dużym zróżnicowaniu populacyjnym, z których ponad 70% jest pochodzenia nieeuropejskiego, przy znacznym udziale przypadków pediatrycznych. Opisy wariantów i chorób oraz dostosowane zalecenia dodatkowo wspierają lekarzy w diagnostyce oraz w dalszym prowadzeniu pacjentów i ich rodzin. Dla każdego badania udostępniamy przejrzysty i szczegółowy opis metod oraz ograniczeń.
W CENTOGENE uznajemy klasyfikację wariantów za kluczowy etap diagnostyki pacjentów z chorobami genetycznymi. Od pierwotnej publikacji wytycznych ACMG dotyczących klasyfikacji wariantów w 2015 roku proces ten został rozszerzony i rozwinięty przez ClinGen. CENTOGENE należy do pionierów we wdrażaniu tych najnowszych wytycznych i zaleceń do procesu raportowania medycznego — obejmuje to klasyfikację zarówno wariantów pojedynczych nukleotydów (SNV), jak i wariantów liczby kopii (CNV). Aby zmaksymalizować skuteczność klasyfikacji wariantów, wykorzystujemy i integrujemy również dane z CENTOGENE Biodatabank — naszej autorskiej bazy wariantów zawierającej szczegółowe informacje kliniczne, dane o częstości występowania oraz pochodzeniu geograficznym.
Dzięki systematycznej ponownej ocenie nowo zidentyfikowanych wariantów aktywnie i bezpłatnie informujemy o wszystkich nowych klasyfikacjach — w ramach naszego bezterminowego zobowiązania wobec pacjentów z chorobami rzadkimi i neurodegeneracyjnymi na całym świecie.
W przypadku wszystkich paneli sekwencjonowania nowej generacji (NGS) warianty sekwencji są przypisywane do jednej z pięciu klas (patogenne, prawdopodobnie patogenne, wariant o niepewnym znaczeniu [VUS], prawdopodobnie łagodne i łagodne) zgodnie z wytycznymi ACMG/AMP dotyczącymi klasyfikacji wariantów, a także zaleceniami ClinGen. CNV są klasyfikowane do pięciu klas (patogenne, prawdopodobnie patogenne, wariant o niepewnym znaczeniu [VUS], prawdopodobnie łagodne i łagodne) zgodnie z wytycznymi ACMG/ClinGen dotyczącymi klasyfikacji CNV. Można zidentyfikować inne rodzaje klinicznie istotnych wariantów (np. czynniki ryzyka, modyfikatory). Oprócz publicznych baz danych, do klasyfikacji wariantów wykorzystywany jest autorski Biodatabank firmy CENTOGENE.
Na ostatnim etapie wszystkie zidentyfikowane warianty wraz z adnotacjami są oceniane pod kątem potencjalnego związku z objawami klinicznymi pacjenta i/lub podejrzewanym rozpoznaniem.
Sekwencjonowanie całego eksomu (WES) obejmuje analizę regionu kodującego białka w genomie człowieka (eksom; ~1% genomu). Analizą objęte są również geny, dla których nie ustalono dotychczas związku z chorobami człowieka. Zidentyfikowane warianty klasyfikujemy według opisanego powyżej procesu, uwzględniając wszystkie informacje dostępne w publicznych bazach danych, takich jak Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) oraz HGMD.®, bazy danych dotyczące konkretnych genów, publikacje (PubMed) oraz bazy danych genotypowo-fenotypowych, np. CENTOGENE Biodatabank.
Zgodnie ze standardowymi wytycznymi oraz kontekstem diagnostycznym raportowane są wyłącznie warianty wykryte w genach o dobrze udokumentowanym związku z chorobami człowieka. Z tej grupy do raportu włączane są wszystkie istotne warianty powiązane z fenotypem pacjenta. Patogenność wariantu lub wariantów jest omawiana w świetle przekazanych informacji klinicznych. Z uwzględnieniem obrazu klinicznego pacjenta oraz wywiadu rodzinnego w kierunku danej choroby przedstawiane są zalecenia dotyczące dalszych kroków diagnostycznych. Raportowane są również polimorfizmy związane z chorobą, o dobrze ustalonym znaczeniu klinicznym dla poszczególnych fenotypów chorobowych.
Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) jest najbardziej kompleksową metodą analizy genomu. Metoda ta ogranicza wpływ artefaktów wzbogacania oraz nierównomiernego pokrycia. WGS umożliwia analizę wariantów SNV i CNV, wariantów typu insercja–delecja (INDEL) oraz wariantów strukturalnych (SV) — zarówno w regionach kodujących białka (~1% genomu), jak i w pozostałych ~99% sekwencji niekodujących. Procedura raportowania wyników analizy WGS jest podobna jak w przypadku WES.
W niektórych przypadkach dwa warianty patogenne lub prawdopodobnie patogenne wiążą się z nienakładającymi się obrazami klinicznymi albo wspólnie przyczyniają się do jednego głównego fenotypu. W takich sytuacjach niekiedy konieczne jest omówienie przypadku z lekarzem zlecającym — przed wydaniem raportu.
Na życzenie lekarza przekazujemy również informacje o wariantach genów niezwiązanych z chorobą ani objawami pacjenta, wobec których możliwe jest jednak podjęcie działań medycznych (wyniki przypadkowe lub wtórne). W takich przypadkach raportujemy te warianty wraz z dostępnymi informacjami o możliwych opcjach postępowania terapeutycznego. Raportujemy warianty w 73 wybranych genach zgodnie z zaleceniami ACMG.1,2 .
Miller, DT, Lee, K., Chung, WK. i wsp. Lista ACMG SF v3.0 dotycząca raportowania wyników badań wtórnych w sekwencjonowaniu eksomu i genomu klinicznego: oświadczenie polityki American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01172-3
Miller, DT, Lee, K., Gordon, AS. i wsp. Zalecenia dotyczące raportowania wyników badań wtórnych w sekwencjonowaniu eksomu i genomu klinicznego, aktualizacja z 2021 r.: oświadczenie polityczne American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01171-4
Nasz globalny zespół obsługi klienta i ekspertów będzie Cię wspierać na każdym kroku.
Wyślij nam wiadomośćWsparcie regionalne
