Publikacje naukowe

Odkryto nowy gen chorobowy

Odkrywanie nowych chorób genetycznych w coraz większym stopniu opiera się na dużych bazach danych i współpracy międzynarodowej. CENTOGENE z dumą uczestniczy w licznych istotnych przedsięwzięciach badawczych. Niedawno zakończony projekt badawczy zidentyfikował mutacje w genie PIGB jako przyczynę nowego zespołu neurometabolicznego. Wyniki badania, w którym uczestniczyły grupy z dziesięciu krajów, opublikowano w prestiżowym czasopiśmie American Journal of Human Genetics.

Odkrywanie nowych chorób genetycznych w coraz większym stopniu opiera się na dużych bazach danych i współpracy międzynarodowej. CENTOGENE z dumą uczestniczy w licznych istotnych przedsięwzięciach badawczych. Niedawno zakończony projekt badawczy zidentyfikował mutacje w genie PIGB jako przyczynę nowego zespołu neurometabolicznego. Wyniki badania, w którym uczestniczyły grupy z dziesięciu krajów, opublikowano w prestiżowym czasopiśmie American Journal of Human Genetics.

Optymalizacja wydajności diagnostycznej

Wiedza genetyczna na temat rzadkich chorób dziedzicznych gwałtownie rośnie. Pacjenci, którzy otrzymali negatywny wynik diagnozy, mogą zatem skorzystać z ponownej analizy swoich eksomów lub genomów. Niedawne badanie zainicjowane przez CENTOGENE dostarczyło imponujących dowodów na poparcie tej hipotezy. U grupy pacjentów z zaburzeniami neurorozwojowymi, u których nie udało się ustalić diagnozy przed 2017 rokiem, ponowna analiza ujawniła kilka potencjalnie przyczynowych wariantów w genach chorób opisanych od tego czasu. Odkrycia te opublikowano w czerwcowym numerze czasopisma „Journal of Neurodevelopmental Disorders”.

Wiedza genetyczna na temat rzadkich chorób dziedzicznych gwałtownie rośnie. Pacjenci, którzy otrzymali negatywny wynik diagnozy, mogą zatem skorzystać z ponownej analizy swoich eksomów lub genomów. Niedawne badanie zainicjowane przez CENTOGENE dostarczyło imponujących dowodów na poparcie tej hipotezy. U grupy pacjentów z zaburzeniami neurorozwojowymi, u których nie udało się ustalić diagnozy przed 2017 rokiem, ponowna analiza ujawniła kilka potencjalnie przyczynowych wariantów w genach chorób opisanych od tego czasu. Odkrycia te opublikowano w czerwcowym numerze czasopisma „Journal of Neurodevelopmental Disorders”.

Warianty bialleliczne czynnika transkrypcyjnego PAX7 stanowią nową genetyczną przyczynę miopatii

Większość nowych genów chorobowych jest obecnie identyfikowana w słabiej zbadanych populacjach spokrewnionych. Dzięki swojemu globalnemu zasięgowi, CENTOGENE wniósł znaczący wkład w tego typu projekty badawcze. Najnowszym przykładem jest odkrycie recesywnych mutacji w czynniku transkrypcyjnym PAX7, leżących u podstaw nowej postaci choroby mięśni. Wyniki badań opublikowano w „Genetics in Medicine”, jednym z wiodących czasopism w tej dziedzinie.

Ekspresja choroby jest bardzo zróżnicowana w wielu zaburzeniach genetycznych, a identyfikacja leżących u jej podstaw modyfikatorów ma ogromny potencjał translacyjny. Dzięki swoim zasobom technologicznym i próbkom, CENTOGENE zajmuje wyjątkową pozycję, która pozwala mu znacząco przyczynić się do realizacji istotnych celów. Jeden z niedawnych przypadków ujawnił nowy modyfikator nasilenia choroby i zaburzeń poznawczych w dystonii sprzężonej z chromosomem X i parkinsonizmie. Wyniki badań opublikowano w prestiżowym czasopiśmie „Annals of Neurology”.

Wariant homozygotycznej przesunięcia ramki odczytu w alternatywnym splicingu eksonu DLG5 powoduje wodogłowie i dysplazję nerek

Dążąc do zapewnienia maksymalnej skuteczności diagnostycznej, CENTOGENE oferuje możliwość śledzenia negatywnych wyników WES/WGS w warunkach badawczych. Niedawno to podejście doprowadziło do powiązania szczególnej postaci wodogłowia wrodzonego z dwualleliczną inaktywacją genu DLG5. Odkrycie, które stanowi definicję nowego, rzadkiego schorzenia, zostało opublikowane w czasopiśmie Clinical Genetics przed drukiem 21 lutego.

Przydatność i implikacje sekwencjonowania eksomu we wczesnym stadium choroby Parkinsona.

Chociaż obciążenie genetyczne w chorobie Parkinsona o wczesnym początku jest wysokie, dokładne badania nad skutecznością diagnostyki genetycznej wciąż nie zostały przeprowadzone. Celem niniejszego badania była ocena wariantów znanych genów odpowiedzialnych za chorobę Parkinsona i inne zaburzenia ruchowe oraz znalezienie nowych kandydatów u 50 pacjentów z chorobą Parkinsona o wczesnym początku.

Opracowanie algorytmu opartego na dowodach, który optymalizuje czułość i swoistość diagnostyki opartej na ES w klinicznie heterogenicznej populacji pacjentów

Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle NGS i sekwencjonowanie Sangera. Wykorzystując tę strategię, staraliśmy się zoptymalizować diagnostykę opartą na sekwencjonowaniu eksomu (ES) w klinicznie zróżnicowanej populacji pacjentów.

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) szybko zastępuje sekwencjonowanie Sangera w diagnostyce genetycznej. Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle sekwencjonowanie NGS i Sangera. Wykorzystując tę strategię, staraliśmy się zoptymalizować diagnostykę klinicznie zróżnicowanej populacji pacjentów opartą na sekwencjonowaniu eksomu (ES).

Algorytm oparty na dowodach w diagnostyce opartej na ES

Optymalizacja diagnostyki opartej na sekwencjonowaniu ES. Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) szybko zastępuje sekwencjonowanie Sangera w diagnostyce genetycznej. Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle sekwencjonowanie NGS i Sangera.

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) szybko zastępuje sekwencjonowanie Sangera w diagnostyce genetycznej. Czułość i swoistość metod NGS nie są dobrze zdefiniowane, ale można je oszacować, stosując równolegle sekwencjonowanie NGS i Sangera. Wykorzystując tę strategię, staraliśmy się zoptymalizować diagnostykę klinicznie zróżnicowanej populacji pacjentów opartą na sekwencjonowaniu eksomu (ES).

Pierwszy wariant patogenny typu missense w genie KAT6A

Firma CENTOGENE opublikowała wyniki kolejnego udanego badania grupowego w wysoko ocenianym czasopiśmie Journal of Human Genetics, zatytułowanego: “Wariant KAT6A w rodzinie z autosomalnie dominująco dziedziczoną małogłowiem i opóźnieniem rozwojowym”.”

Firma CENTOGENE opublikowała wyniki kolejnego udanego badania grupowego w wysoko ocenianym czasopiśmie Journal of Human Genetics, zatytułowanego: “Wariant KAT6A w rodzinie z autosomalnie dominująco dziedziczoną małogłowiem i opóźnieniem rozwojowym”.”

Niezaspokojone potrzeby w interpretacji wariantów genomu ludzkiego

Jakość i precyzja ostatecznej diagnozy nie zależą wyłącznie od prawidłowej klasyfikacji wariantów i interpretacji klinicznej. Diagnoza rozpoczyna się na poziomie przedanalitycznym, a każda późniejsza interpretacja może przynieść zarówno wynik negatywny, jak i pozytywny.

Jakość i precyzja ostatecznej diagnozy nie zależą wyłącznie od prawidłowej klasyfikacji wariantów i interpretacji klinicznej. Diagnoza rozpoczyna się na poziomie przedanalitycznym, a każda późniejsza interpretacja może przynieść efekt negatywny lub pozytywny, w zależności od jakości preparatu “na mokro”.

Nowa homozygotyczna mutacja PCK1

U wszystkich osób dotkniętych tą chorobą wykryto nową, homozygotyczną mutację PCK1 w tym badaniu. Przeprowadzono sekwencjonowanie całego eksomu. Czytaj więcej!

Zebrano dane kliniczne i laboratoryjne od trzech fińskich pacjentów, w tym od pary rodzeństwa i innego niespokrewnionego dziecka z niewyjaśnioną hipoglikemią w dzieciństwie. W analizie kwasów organicznych w moczu stwierdzono przejściowe podwyższenie poziomu transaminazy alaninowej, mleczanów i metabolitów cyklu kwasów trikarboksylowych, zwłaszcza fumaranu. U pacjentów i ich rodziców przeprowadzono sekwencjonowanie eksomu. U wszystkich chorych wykryto nową homozygotyczną mutację PCK1 c.925GNA (p.G309R).

Nowe mutacje GNB1 zakłócają montaż i funkcję heterotrimerów białka G i powodują globalne opóźnienie rozwoju u ludzi

Za pomocą sekwencjonowania eksomu zidentyfikowaliśmy 14 różnych, nowych wariantów genu GNB1 u 16 pacjentów pediatrycznych. Przeczytaj więcej w naszych najnowszych artykułach naukowych!

Globalne opóźnienie rozwoju (GDD), często połączone z niepełnosprawnością intelektualną, napadami padaczkowymi i innymi objawami, jest ciężkim, klinicznie i genetycznie wysoce heterogenicznym zaburzeniem wieku dziecięcego. W przypadkach, w których zidentyfikowano przyczyny genetyczne, częstym przypadkiem są mutacje de novo w genach ekspresjonowanych neuronalnie. Mutacje te można najlepiej zidentyfikować poprzez sekwencjonowanie eksomów trii rodzic-potomek. Mutacje de novo w genie białka wiążącego nukleotydy guaniny beta 1 (GNB1), kodującego podjednostkę Gβ1 heterotrimerycznych białek G, zostały niedawno zidentyfikowane jako nowa genetyczna przyczyna GDD.

Sekwencjonowanie eksomu klinicznego – wyniki z 2819 próbek, obejmujące 1000 rodzin

Przeprowadzono badanie z wykorzystaniem WES w celu identyfikacji podstawowych wariantów patogennych lub prawdopodobnych wariantów patogennych w 1000 przypadkach diagnostycznych z 54 różnych krajów. Czytaj więcej!

Przeprowadzono badanie z wykorzystaniem sekwencjonowania całego eksomu (WES) w celu identyfikacji podstawowych wariantów patogennych lub prawdopodobnych wariantów patogennych w 1000 przypadkach diagnostycznych z 54 różnych krajów. Wybrani pacjenci wykazywali szerokie zróżnicowanie pod względem liczby, charakteru i nasilenia objawów. Informacje kliniczne podane przez lekarzy zlecających badanie zostały przetłumaczone na terminologię HPO, a WES wykonano na próbkach pacjentów zgodnie ze standardowymi procedurami.

Wytyczne dotyczące diagnostycznego sekwencjonowania nowej generacji

W niniejszym dokumencie przedstawiamy wytyczne dotyczące oceny i walidacji zastosowań sekwencjonowania nowej generacji w diagnostyce chorób genetycznych. Czytaj więcej!

Prace zostały przeprowadzone przez grupę genetyków laboratoryjnych i bioinformatyków, a ich wyniki zostały omówione z genetykami klinicznymi, przedstawicielami przemysłu i pacjentów oraz innymi interesariuszami z dziedziny genetyki człowieka. Oświadczenia sformułowane podczas opracowywania wytycznych przedstawiono tutaj.

Nowa mutacja typu missense w genie GNB1 u pacjenta z uogólnioną dystonią, hipotonią i niepełnosprawnością intelektualną

Sekwencjonowanie eksomu 15-letniej Niemki i jej zdrowych rodziców ujawniło heterozygotyczną mutację heterozygotyczną de novo w genie GNB1. Czytaj więcej!

Ostatnio sekwencjonowanie eksomu poszerzyło naszą wiedzę na temat genetycznych przyczyn opóźnień rozwojowych poprzez identyfikację de novo, mutacji linii zarodkowej w białku wiążącym nukleotyd guaniny beta 1 (GNB1) u 13 pacjentów z niepełnosprawnością neurorozwojową oraz szerokim zakresem dodatkowych objawów, w tym hipotonią u 11 pacjentów i drgawkami u 10 pacjentów. Dystonia kończyn/ramion została stwierdzona u 2 pacjentów.

Sekwencjonowanie całego eksomu w rzadkiej chorobie: Pacjent z anomalią lewej tętnicy wieńcowej od tętnicy płucnej (zespół Blanda-White'a-Garlanda)

Przedstawiamy wyniki pierwszego sekwencjonowania całego eksomu (WES) pacjenta z ALCAPA, którego stan zdrowia obserwowano przez 8 lat. Czytaj więcej!

Nieprawidłowe odchodzenie lewej tętnicy wieńcowej od tętnicy płucnej (ALCAPA), znane również jako zespół Blanda-White'a-Garlanda, jest rzadką wadą wrodzoną, występującą z częstością 1 na 300 000 żywych urodzeń. W niniejszym artykule przedstawiamy wyniki pierwszego sekwencjonowania całego eksomu (WES) pacjenta z zespołem ALCAPA, który był obserwowany przez 8 lat; jego przebieg kliniczny został wcześniej opisany w innym miejscu (Türkmen i in., 2014).