Identifying a Clinically Relevant Intronic Variant With CentoXome®
透過 CentoXome（升級版全外顯子定序，WES），即使面對複雜病例及其他實驗室未能完成診斷的情況，仍成功建立明確診斷。藉由偵測已知具致病性的內含子（Intronic）基因變異，CENTOGENE 為一名 14 歲女性患者及其家屬找到了診斷答案。
全外顯子定序（WES）是一項全面性的基因檢測，可辨識患者 DNA 中與其臨床症狀相關或致病的基因變異。透過分析基因體中所有蛋白質編碼區（Exome），WES 提供廣泛的檢測涵蓋率，協助醫師快速且可靠地完成診斷。
以 CentoXome 突破罕見疾病與神經退化性疾病診斷挑戰
目前已知罕見疾病超過 7,000 種，其中約 80% 與遺傳因素有關，因此罕見疾病的診斷往往充滿挑戰，患者常需經歷漫長、昂貴且身心俱疲的診斷歷程。1,2
透過 WES，情況將有所不同。 由於約 85% 已知致病基因變異位於外顯子區域，WES 能以更短的時間及更具成本效益的方式找出罕見疾病的致病原因，進而改善患者的診斷與治療結果。CentoXome 更進一步提升了 WES 的診斷能力，提供卓越的臨床涵蓋率與診斷效能，透過單一次檢測即可完成全面分析。我們的產品設計及醫學判讀結合全球最大的罕見疾病與神經退化性疾病真實世界資料庫—— CENTOGENE 生物資料庫（Biodatabank），提供更精準且可靠的診斷結果。
結合 CENTOGENE 在罕見疾病與神經退化性疾病多體學檢測領域的專業，以及先進的檢測技術，CentoXome 透過單一次檢測即可提供卓越的臨床涵蓋率與強大的診斷能力，協助解答複雜的臨床問題。
結合 CENTOGENE CE-IVD 生物資訊分析流程及 CENTOGENE 生物資料庫（Biodatabank），提供業界領先的臨床洞察與更精準的基因變異判讀。
由專業團隊提供終身診斷支持（Life-long Diagnostic Support），持續協助改善罕見疾病患者的診斷與照護品質。
CentoXome 由全球罕見疾病與神經退化性疾病診斷領域值得信賴的領導品牌 CENTOGENE 打造，提供卓越的檢測品質與效能。透過單一次檢測即可實現廣泛的臨床涵蓋率與領先的診斷能力。結合 CENTOGENE 生物資料庫（Biodatabank） 的臨床洞察與先進的多體學（Omics）技術，CentoXome 相較於傳統全外顯子定序（WES）可提供更高的診斷率。3–12
| 核心特色與檢測效能 | |
|---|---|
| 廣泛且均勻的外顯子與粒線體基因體覆蓋 | 高度均勻涵蓋完整外顯子（約 20,000 個基因）、涵蓋外顯子／內含子交界區 ±10 bp、完整涵蓋粒線體基因體（37 個基因）、≥98% 的目標區域達到 ≥20× 覆蓋深度 |
| 強化臨床重要區域的檢測涵蓋率 | 強化涵蓋疾病相關基因（包括 OMIM®、HGMD® 及 CENTOGENE 生物資料庫收錄之基因）、≥99% 的目標區域達到 ≥20× 覆蓋深度、涵蓋已知具有臨床意義的編碼區及非編碼區基因變異（依據 HGMD®、ClinVar 及 CENTOGENE 生物資料庫） |
| 先進且高靈敏度的基因變異偵測 | 檢測SNV、InDel、SV，包括外顯子水平到細胞基因組水平的CNV變化，以及具有≥15異質性的mtDNA %靈敏度SNV和InDel（≤50 bp）>99.6 %CNV*> 95.0 %特異性 > 99.9 %對所有已報告的變異體有保證**單親二倍體（UPD）檢測*** 可篩檢臨床上具重要意義的染色體區域，包括：6q24、第 7 號染色體、11p15.5、14q32、15q11-q13、20q13、第 20 號染色體 |
SNV：單核苷酸變異； InDel：小插入/缺失； CNV：拷貝數變異； UPD ：單親二體； mtDNA：粒線體DNA。
* CNV 檢測軟體靈敏度 > 95 %；但是，對於重複和同源區域（如假基因）以及跨越兩個或更少外顯子的事件，這種靈敏度可能會降低。
** 低質量和/或合子性不明確的變異透過正交方法進行確認：SNV 和 InDel 透過 Sanger 定序進行確認；CNV 透過多重連接依賴性探針擴增 (MPLA)、定量聚合酶鍊式反應 (qPCR) 或染色體微陣列 (CMA) 進行確認。
*** 採用內部開發的孟德爾遺傳錯誤（MIE）演算法進行單親二體（UPD）篩檢，以檢測已知的臨床相關染色體區域的純合性片段（ROH）。必要時，保證使用染色體微陣列分析（CMA）進行內部確認檢測。.
CentoXome 為罕見疾病和神經退化性疾病的診斷提供了一種快速且經濟高效的解決方案，可作為一線和二線檢測手段，用於對疑似遺傳疾病或既往基因檢測結果為陰性的患者進行分子診斷。 <sup>3, 5, 11</sup>此外，它還可以取代多種獨立的分子檢測，從而簡化診斷流程。.
傳統上，當患者表現出複雜、異質性的表型，提示可能存在多種疾病，或先前基因檢測結果不明確時，建議進行全外顯子定序（WES）。近年來，WES在臨床實踐中的應用顯著增加，已超過單基因檢測、二代定序（NGS）panel和染色體微陣列分析等標準基因檢測方法。 <sup>4, 10, 13–15</sup>此外，越來越多的證據表明，將全基因組定序（WGS）/WES作為一線檢測方法具有經濟價值。 <sup> 16–18</sup>美國醫學遺傳學與基因組學學會（ACMG）和其他醫學協會的指南建議，當患者的症狀或家族史提示疾病可能由遺傳因素引起時，應將外顯子組/基因組測序作為一線或二線診斷檢測方法。 <sup>19–22</sup>此外，WES的檢測結果可能有助於更快地做出診斷，更好地預防症狀性疾病，提供更有針對性的治療，甚至可以避免一些昂貴或侵入性的手術。 <sup> 10, 14, 15, 19, 23</sup>
我們特別建議以下患者選擇 CentoXome：
我們提供彈性的檢測方案及多元加值服務，依據患者需求量身打造 CentoXome 檢測方案。例如，適用於胎兒異常妊娠的產前全外顯子定序（CentoXome Prenatal），以及整合不同體學資料的多體學全外顯子定序（CentoXome MOx 1.0 與 MOx 2.0），為罕見疾病及神經退化性疾病提供更有效的早期診斷工具。
為持續改善罕見疾病與神經退化性疾病患者的照護品質，CentoXome 提供終身診斷支持，包括免費且主動的基因變異重新分類（Variant Reclassification）服務，以及針對結果不確定或未獲診斷個案所提供的經濟實惠個案重新分析（Case-level Reanalysis）。隨著新的疾病基因持續被發現，全外顯子定序（WES）的診斷率也不斷提升。研究指出，約 10–20% 尚未確診的患者，可透過基因變異重新分類及基因體資料重新分析獲得明確診斷。15, 24
| 檢測方案與加值服務 | |||
|---|---|---|---|
| 檢測設計* | Solo（單人）、Duo（雙人）、Trio（三人）、PLUS、粒線體基因體分析僅針對先證者（Index Patient）及母親檢體進行。 | ||
| 檢測方案 | CentoXome | 適用於罕見疾病及神經退化性疾病的全外顯子定序（WES）（產後檢測）。檢測時程（TAT）：≤30 個工作天。 | |
| CentoXome MOx** | 整合 WES、生化檢測及／或 RNA 定序（RNA-Seq）的一站式多體學檢測方案，可分析剪接變異（Splicing Variants）。CentoXome MOx 1.0：適用於罕見疾病及神經退化性疾病產後檢測；TAT：≤30 個工作天。CentoXome MOx 2.0：適用於罕見疾病及神經退化性疾病產後檢測；TAT：≤35 個工作天。 | ||
| CentoXome Prenatal*** | 適用於產前全外顯子定序（WES）。適用情況：超音波檢查發現胎兒結構異常、傳統產前檢測無法獲得明確診斷。服務包含：優先處理與加速檢測、細胞培養（Cell Culture）、母體細胞污染分析（Maternal Cell Contamination, MCC）。TAT：≤15 個工作天。 | ||
| CentoXome POC*** | 適用於流產組織（Products of Conception, POC）全外顯子定序。適用情況：子宮內胎兒死亡（IUFD）、死產（Stillbirth）、希望了解胎兒流失原因及再次發生風險、傳統檢測方法無法獲得明確診斷。服務包含：細胞培養、母體細胞污染分析（MCC）。TAT：≤30 個工作天。 | ||
| CentoXome Variants | 提供研究用途的 WES 原始及處理後資料，包括：FASTQ、BAM、VCF、已篩選及註解的 XLS 基因變異檔案。可透過 CentoPortal 免費下載，下載期限為 30 天。TAT：≤20 個工作天。 | ||
| 加值服務 | FAST 快速處理 | ≤ 15 個工作天（不適用於 CentoXome MOx 2.0） | |
| 免費提供原始資料 | 所有附有醫學報告的檢測方案皆可免費取得原始及處理後資料，包括：FASTQ、BAM、VCF、已篩選及註解的 XLS 基因變異檔案。可透過 CentoPortal 免費下載，下載期限為 30 天。 | ||
| 終身診斷支持**** | 主動式基因變異重新分類（Variant-level Reclassification）：若有新的分類結果，將免費提供重新分類報告。個案重新分析（Case-level Reanalysis）：針對結果不確定或未獲診斷的個案（例如新增臨床資訊或間隔一年後），提供經濟實惠的重新分析服務。 | ||
TAT：檢測時程（Turnaround Time）。
* Solo：僅檢測先證者（Index Patient）；Duo：檢測先證者及一位受影響或未受影響的家屬；Trio：檢測先證者及兩位受影響或未受影響的家屬；PLUS：於 Trio 方案之外，再增加一位家屬進行檢測。
** 更多有關我們多體學解決方案（Multiomic Solutions）的資訊。
*** 受限於技術限制，本服務不提供以 WES 為基礎的粒線體基因體分析及單親二倍體（UPD）篩檢。更多資訊請參閱產前基因檢測（Prenatal Testing）。
**** 個案重新分析（Case Reanalysis）僅適用於 2020 年 8 月（含）之後完成原始定序的檢測訂單。更多資訊請參閱基因變異重新分類計畫（Variant Reclassification Program）。
選擇 CENTOGENE 的全外顯子定序（WES）服務，醫師、患者及合作夥伴皆可安心獲得高品質定序結果，搭配卓越的資料分析、醫學判讀及完整的醫學報告。透過 CE-IVD 生物資訊分析流程整合深度表型（Phenotype）與基因型（Genotype）資料，CENTOGENE 能精準辨識致病基因變異，提供業界領先的臨床判讀與醫學報告。
CentoXome® 的檢測服務皆包含專業醫學報告，由具備豐富臨床判讀經驗的專家團隊完成，並結合 CENTOGENE 生物資料庫（Biodatabank）中經嚴格驗證的基因變異資料，以及國際最佳實務指引進行分析。我們的臨床遺傳學專家與科學團隊會仔細判讀每一份檢測資料，並逐一審查所有醫學報告。歷年累積的高品質基因變異分類結果皆經過整理、驗證並收錄於 CENTOGENE 生物資料庫中，作為診斷判讀與基因變異分類的重要依據。
所有檢測報告皆提供清楚且可執行的臨床結果、診療建議及後續檢測方向，並以患者的臨床表型（Phenotype）為核心進行分析與報告。
更多資訊，請參閱 醫學報告（Medical Reporting）
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BUD13 的替代性剪接（Alternative Splicing）決定伴隨脂肪營養不良與早衰特徵之發育疾病的嚴重程度
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