即使對經驗豐富的臨床醫師而言，罕見疾病與神經退化性疾病的快速且準確診斷仍是一項挑戰。然而，隨著基因體技術的持續進步、全基因體定序（WGS）逐漸成為第一線診斷工具，以及我們對遺傳疾病機制的深入了解，疾病診斷已變得比以往更加快速且可靠。即使對經驗豐富的臨床醫師而言，罕見疾病與神經退化性疾病的快速且準確診斷仍是一項挑戰。然而，隨著基因體技術的持續進步、全基因體定序（WGS）逐漸成為第一線診斷工具，以及我們對遺傳疾病機制的深入了解，疾病診斷已變得比以往更加快速且可靠。
CENTOGENE 的升級版 WGS 解決方案 CentoGenome，是全球最全面的罕見疾病與神經退化性疾病診斷工具之一，透過單一次檢測即可提供卓越的基因體涵蓋率與診斷效能。CentoGenome 結合先進的定序技術、優化的 CE-IVD 生物資訊分析流程，以及基於 CENTOGENE 生物資料庫 （Biodatabank）的醫學專家判讀，提供高品質且可靠的診斷結果。單一次檢測即可偵測幾乎所有主要類型的基因變異，包括：序列變異（SVs）、拷貝數變異（CNVs）、單親二倍體（UPD）、重複序列擴增（Repeat Expansions）、其他複雜的基因體變異。
CentoGenome 採用無 PCR（PCR-free）技術，有效降低定序偏差，提升難以定序區域的資料品質，實現對編碼區（Coding Regions）、調控區（Regulatory Regions）及內含子區域（Intronic Regions）的更全面分析。
作為全球值得信賴的合作夥伴，CENTOGENE 提供免費且主動的診斷確認（Diagnosis Confirmation）及基因變異重新分類（Variant Reclassification）服務，協助醫師與患者持續受益於最新的科學證據與醫學進展。
CentoGenome 結合 CE-IVD 生物資訊分析流程、醫學專家判讀，以及 CENTOGENE 生物資料庫（Biodatabank） 的數據支持，提供更卓越的基因變異偵測能力，提升疾病診斷的涵蓋範圍與準確性。
享有 CentoGenome 的完整品質與所有優勢，僅需 5 個工作天即可取得檢測結果。
作為第一線診斷工具，CentoGenome 是目前市面上最全面的商業化全基因體定序（WGS）檢測之一，適用於罕見疾病及神經退化性疾病的診斷。單一次檢測即可涵蓋幾乎所有致病基因變異，包括大多數已知與神經系統疾病相關的重複序列擴增（Repeat Expansions）。1此外，CentoGenome 還可高靈敏度偵測脊髓性肌肉萎縮症（Spinal Muscular Atrophy, SMA）相關的拷貝數變異（CNVs），以及與高雪氏症（Gaucher Disease, GD）及 GBA1-相關帕金森氏症（Parkinson's Disease, PD）易感性的致病基因變異
CentoGenome 採用全新設計的無 PCR（PCR-free）全基因體定序流程，有效降低 PCR 所造成的定序偏差，提升困難區域的定序品質，實現更均勻的基因體覆蓋率與更優異的基因變異偵測能力。
| 核心特色與檢測效能 | |
|---|---|
| 均勻且完整的基因體覆蓋 |
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| 先進且高靈敏度的基因變異偵測 |
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| 強化 SMA 與 GD／PD 相關基因變異檢測*** |
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SNV單核苷酸變異；; 插入缺失： 小幅插入/刪除；; SVs： 結構變異；; CNV： 拷貝編號變體；; 更新： 單親二體；; 粒線體DNA： 粒線體DNA
* 低質量和/或合子性不明確的變異體透過正交方法進行確認：SNV 和 InDel 透過 Sanger 定序進行確認；CNV 透過多重連接依賴性探針擴增 (MLPA)、定量聚合酶鍊式反應 (qPCR) 或染色體微陣列 (CMA) 進行確認。對於與重複序列擴增疾病、單親二體 (UPD) 相關的已報告變異體，必要時也會採用正交方法進行內部確認性檢測。 SMN1/SMN2 CNV 和轉換事件 GBA1 及 GBAP1, 分別以片段長度分析（FLA）、CMA、MLPA 和 qPCR 方法進行檢測。
** 我們使用內部開發的孟德爾遺傳錯誤（MIE）演算法對單親二體（UPD）進行篩檢，以檢測已知的具有臨床意義的染色體區域的純合性片段（ROH）。重複序列擴增的篩檢則由ExpansionHunter程序完成。
*** SMA篩選採用SMN Caller演算法進行偵測 SMN1/SMN2 CNV。. GBA1 使用高斯演算法進行篩選，以檢測影響包含外顯子 9-11 (NM_000157.3) 區域的重組事件，該區域與具有最高同源性的區域 GBAP1
CentoGenome 是診斷罕見疾病與神經退化性疾病的理想解決方案。它可作為第一線檢測，協助疑似遺傳疾病患者建立分子診斷；亦可作為第二線檢測，適用於先前基因檢測結果為陰性的患者。相較於進行多項獨立的分子檢測，CentoGenome 能以更具成本效益的方式完成分子診斷。
近年多項研究及醫學遺傳學會的聲明與建議指出，當患者的臨床症狀或家族史顯示疾病可能具有遺傳因素時，全基因體定序（WGS）應作為第一線或第二線診斷工具。2–6 尤其適用於遺傳異質性高的疾病，或在能改善臨床照護及具備成本效益的情況下，更能展現 WGS 的優勢。例如，美國醫學遺傳學與基因體學學會（ACMG）建議，對於智能障礙、發展遲緩或多重先天異常的兒童，應將全外顯子定序（WES）或全基因體定序（WGS）列為第一線檢測。 5 我們特別建議以下情況使用 CentoGenome：
臨床症狀廣泛、複雜或缺乏特異性，無法明確指向特定疾病或典型表型，例如：
過去接受基因檢測仍無法獲得明確診斷，例如：
需要快速診斷，無法等待逐步檢測策略的患者，例如：
在我們其中一項臨床研究中，針對目前規模最大的患者族群之一進行全基因體定序（WGS），結果顯示 WGS 作為最全面的基因檢測方法，具有優異的診斷能力，並展現相較於全外顯子定序（WES）的臨床優勢。7 研究結果亦支持，全基因體定序（WGS）應被視為遺傳疾病檢測的標準照護（Standard of Care），並可作為罕見疾病患者的第一線、單一檢測方案。
CENTOGENE 提供多元且彈性的檢測方案及加值服務，依據不同患者的臨床需求提供最合適的診斷解決方案。我們的服務包括適用於胎兒異常妊娠的全基因體定序（CentoGenome Prenatal），以及整合多種體學資料的最新多體學全基因體定序（CentoGenome MOx 1.0 與 CentoGenome MOx 2.0），建立更完整的臨床全貌，協助提升診斷準確性。更多產品資訊，請參閱下方比較表。
對於重症患者而言，快速診斷往往是及時且適切醫療處置的關鍵。近年多項研究顯示，全基因體定序（WGS）憑藉其高診斷率及快速檢測時效，可有效協助新生兒加護病房（NICU）及兒童加護病房（PICU）中的重症新生兒與兒童做出更完善的臨床決策。8-14 CentoGenome Ultra-Fast 可於5 個工作天內完成檢測，兼具全面性與高準確度，特別適合作為重症新生兒及兒童的第一線診斷工具，協助醫療團隊更快速做出關鍵醫療決策。
CENTOGENE 提供彈性的檢測方案及多元加值服務，依據患者的臨床需求量身打造診斷解決方案。我們更透過免費基因變異重新分類（Variant Reclassification）及經濟實惠的個案重新分析（Case-level Reanalysis）服務，提供終身診斷支持，持續協助醫師與患者受益於最新的醫學發現。
| 檢測方案與加值服務 | |||
|---|---|---|---|
| 檢測設計* | Solo（單人）、Duo（雙人）、Trio（三人）、PLUS、粒線體基因體分析僅針對先證者（Index Patient）及母親檢體進行。 | ||
| 檢測方案 | |||
| CentoGenome | 適用於罕見疾病及神經退化性疾病的全基因體定序（WGS）（產後檢測）。檢測時程（TAT）：≤20 個工作天。 | ||
| CentoGenome MOx** | 整合 WGS、生化檢測及／或 RNA 定序的一站式多體學（Multiomics）檢測方案，支援剪接變異（Splicing Variants）分析。CentoGenome MOx 1.0：適用於罕見疾病及神經退化性疾病產後檢測，TAT：≤20 個工作天；CentoGenome MOx 2.0：適用於罕見疾病及神經退化性疾病產後檢測，TAT：≤35 個工作天。 | ||
| CentoGenome Prenatal*** | 適用於產前全基因體定序（WGS）。適用情況：超音波檢查發現胎兒結構異常、傳統產前檢測無法獲得明確診斷。服務包含：優先處理與加速檢測、細胞培養（Cell Culture）、母體細胞污染分析（Maternal Cell Contamination, MCC）。TAT：≤15 個工作天。 | ||
| CentoGenome POC*** | 適用於流產組織（Products of Conception, POC）全基因體定序。適用情況：子宮內胎兒死亡（IUFD）、死產（Stillbirth）、希望了解胎兒流失原因及再次發生風險、傳統方法無法獲得診斷。服務包含：細胞培養、母體細胞污染分析（MCC）。TAT：≤20 個工作天。 | ||
| CentoGenome Variants | 提供研究用途的 WGS 原始及處理後資料，包括：FASTQ、BAM、VCF、已篩選及註解的 XLS 基因變異檔案。可透過 CentoPortal 免費下載，下載期限為 30 天。TAT：≤20 個工作天。 | ||
| CentoGenome Ultra-Fast | TAT：≤5 個工作天。 | ||
| 加值服務 | |||
| FAST 快速處理 | ≤15 個工作天（不適用於 CentoGenome MOx 2.0） | ||
| 免費提供原始資料 | 所有附有醫學報告的檢測方案皆可免費取得原始及處理後資料，包括：FASTQ、BAM、VCF、已篩選及註解的 XLS 基因變異檔案。可透過 CentoPortal 免費下載，下載期限為 30 天。 | ||
| 終身診斷支持**** | 主動式基因變異重新分類（Variant-level Reclassification）：若有新的分類結果，將免費提供重新分類報告。個案重新分析（Case-level Reanalysis）：針對結果不確定或未獲診斷的個案（例如新增臨床資訊或間隔一年後），提供經濟實惠的重新分析服務。 | ||
TAT：檢測時程（Turnaround Time），自檢體於 CENTOGENE Rostock 實驗室完成登錄起算，至檢測報告上傳至 CentoPortal 為止。
* Solo：僅檢測先證者（Index Patient）；Duo：檢測先證者及一位受影響或未受影響的家屬；Trio：檢測先證者及兩位受影響或未受影響的家屬；PLUS：於 Trio 方案之外，再增加一位家屬進行檢測。
** 更多有關我們多體學解決方案（Multiomic Solutions）的資訊。
*** 受限於技術限制，本服務不提供以 WGS 為基礎的粒線體基因體分析，以及單親二倍體（UPD）、重複序列擴增（Repeat Expansions）、SMN1/SMN2 拷貝數變異（CNVs）及 GBA1 基因轉換（Gene Conversion）分析。更多資訊請參閱產前基因檢測（Prenatal Testing）。
**** 個案重新分析（Case Reanalysis）僅適用於 2020 年 8 月（含）之後完成原始定序的檢測訂單。更多資訊請參閱基因變異重新分類計畫（Variant Reclassification Program）。
在數百萬個基因變異中找出真正的致病變異，是遺傳疾病診斷中最大的挑戰之一。全新 CentoGenome 結合 CENTOGENE 分析全球數萬例基因體與外顯子體資料的豐富經驗，協助醫師更有效診斷疑似遺傳疾病患者。
選擇 CENTOGENE 的全基因體定序（WGS）服務，醫師、患者及合作夥伴皆可獲得採用先進 PCR-free WGS 技術所產出的高品質定序結果，並結合全自動 CE-IVD 生物資訊分析流程，提供可靠且精準的資料分析。隨後，由經驗豐富的臨床遺傳專家及科學團隊進行嚴謹的醫學判讀，逐一審查每份檢測報告。必要時，我們將免費採用正交檢測方法（Orthogonal Methods）進行確認性檢測，並結合 CENTOGENE 生物資料庫（Biodatabank）驗證檢測結果及基因變異的致病性，確保每一份醫學報告均具備業界領先的品質。
所有檢測報告皆提供清楚且可執行的臨床結果、診療建議及後續檢測方向，並以患者的臨床表型（Phenotype）為核心進行分析與報告。
更多資訊，請參閱 醫學報告（Medical Reporting）
ASC-1 複合體功能異常於先天性神經肌肉疾病的進一步臨床與遺傳證據
BUD13 的替代性剪接（Alternative Splicing）決定伴隨脂肪營養不良與早衰特徵之發育疾病的嚴重程度
罕見疾病診斷之全基因體定序（WGS）建議指引
1 CENTOGENE 內部資料（Data on file at CENTOGENE）； 2 Boycott et al. 2015, PMID: 25951830； 3 Chinese Medical Doctor Association Medical Genetics Branch 2019, PMID: 31216797； 4 Manickam et al. 2021, PMID: 34211152； 5 Sachdev et al. 2021, PMID: 33566436； 6 Souche et al. 2022, PMID: 35577938； 7 Bertoli-Avella et al. 2020, PMID: 32860008； 8 Kingsmore et al. 2019, PMID: 31564432； 9 Petrikin et al. 2018, PMID: 29449963； 10 Soden et al. 2014, PMID: 25473036； 11 Van Diemen et al. 2017, PMID: 28939701； 12 Willig et al. 2015, PMID: 25937001； 13 Jezkova et al. 2022, PMID: 36086948； 14 Saunders et al. 2012, PMID: 23035047； 15 Clinical Genome Resource（ClinGen）。https://www.clinicalgenome.org/； 16 Miller et al. 2021, PMID: 34012069； 17 Richards et al. 2015, PMID: 25741868。
