Sekwencjonowanie całego eksomu (WES) to kompleksowe badanie genetyczne, które identyfikuje zmiany w DNA pacjenta, będące przyczyną choroby lub związane z jej problemami zdrowotnymi. Koncentrując się na całym eksomie – kodującym białka – obszarze genomu – WES oferuje zakres niezbędny do szybkiej i wiarygodnej diagnozy pacjentów.
Pokonywanie przeszkód w diagnostyce chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych dzięki CentoXome
Z uwagi na ponad 7000 zidentyfikowanych rzadkich chorób i fakt, że około 80% ma podłoże genetyczne, diagnozowanie pacjentów cierpiących na te choroby może być często trudne – co skutkuje długimi, kosztownymi i emocjonalnymi poszukiwaniami rozwiązań.1,2
Dzięki WES nie musi tak być. Obejmując większość (~85%) znanych zmian chorobowych, WES odkrywa przyczynę chorób rzadkich w krótszym czasie i przy niższych kosztach całkowitych – co przekłada się na lepsze wyniki leczenia pacjentów. Dzięki CentoXome, WES osiągnął wyższy poziom. Udoskonalony, aby zapewnić niezrównany zasięg kliniczny i moc diagnostyczną w jednym teście, nasz produkt i interpretacja medyczna wykorzystują największe na świecie repozytorium danych rzeczywistych dotyczących chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych – CENTOGENE Biodatabank.
Najnowocześniejsza technologia opracowana przez ekspertów w dziedzinie badań multiomicznych w kierunku chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych, połączona z wyjątkowym zakresem badań klinicznych i niezrównaną mocą diagnostyczną w jednym badaniu
Najlepsze w swojej klasie spostrzeżenia oparte na systemie bioinformatycznym CE-IVD firmy CENTOGENE i bazie danych CENTOGENE Biodatabank
Dożywotnie wsparcie ze strony zespołu oddanego poprawie życia pacjentów z rzadkimi chorobami
Projekt i serwis CentoXome zapewniają idealną jakość i wydajność od światowego lidera i zaufanego partnera w diagnostyce chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych, z wyjątkowym pokryciem klinicznym i niezrównaną mocą diagnostyczną w jednym teście. Łącząc wiedzę z biobanku danych CENTOGENE dotyczącą chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych z zaawansowaną technologią omikową, zyskujesz rozwiązanie, które zapewnia wyższą wydajność diagnostyczną w porównaniu ze standardowym WES.3–12
| Kluczowe cechy i wydajność | |
|---|---|
| Szerokie i jednolite pokrycie eksomu i genomu mitochondrialnego | Bardzo jednorodne pokrycie całego eksomu (~ 20 000 genów), granice ekson-intron +/- 10 pb i kompletny genom mitochondrialny (37 genów) ≥ 98 regionów docelowych % pokrytych z ≥ 20x |
| Rozszerzony zasięg regionów klinicznie istotnych | Lepsze pokrycie genów związanych z chorobami (OMIM ® , HGMD ® , CENTOGENE Biodatabank) z ≥ 99 obszarami docelowymi % pokrytymi przy ≥ 20-krotnym pokryciu. Pokrycie znanych klinicznie istotnych wariantów w regionach kodujących i niekodujących (HGMD ® , ClinVar, CENTOGENE Biodatabank) |
| Zaawansowane i czułe wykrywanie wariantów | Wykrywanie SNV, InDels, SV, w tym CNV o zmianach na poziomie eksonu do poziomu cytogenomowego oraz mtDNA z heteroplazmią ≥ 15 %SensitivitySNV i InDels (≤ 50 pb)> 99,6 %CNVs*> 95,0 %Specyficzność > 99,9 % jest gwarantowana dla wszystkich zgłoszonych wariantów**Wykrywanie UPD*** dla dobrze znanych klinicznie istotnych regionów chromosomowych: 6q24, 7, 11p15.5, 14q32, 15q11q13, 20q13 i 20 |
SNV: warianty pojedynczego nukleotydu; InDels: małe wstawki/usunięcia; CNV: zmiany liczby kopii; AKTUALIZACJA: disomia jednorodzicielska; mtDNA: mitochondrialne DNA.
* Czułość oprogramowania do wykrywania CNV > 95 %; jednak czułość ta może być zmniejszona w przypadku regionów powtarzalnych i homologicznych, takich jak pseudogeny, a także w przypadku zdarzeń obejmujących dwa lub mniej eksonów.
** Warianty o niskiej jakości i/lub niejasnej zygotyczności potwierdzane są metodami ortogonalnymi: SNV i InDels przez sekwencjonowanie Sangera; CNV przez amplifikację sondy zależną od ligacji multipleksowej (MPLA), ilościową reakcję łańcuchową polimerazy (qPCR) lub mikromacierz chromosomową (CMA).
*** Badanie przesiewowe UPD przeprowadzane jest przy użyciu wewnętrznego algorytmu Mendlowskich Błędów Dziedziczenia (MIE) w celu wykrycia serii homozygotyczności (ROH) dla dobrze znanych, klinicznie istotnych regionów chromosomowych. Gwarantowane wewnętrzne testy potwierdzające z wykorzystaniem CMA, w razie potrzeby.
CentoXome to szybkie i ekonomiczne rozwiązanie do diagnozowania rzadkich i neurodegeneracyjnych chorób, służące jako test pierwszego i drugiego rzutu w celu postawienia diagnozy molekularnej u pacjentów z podejrzeniem zaburzeń genetycznych lub negatywnymi wynikami wcześniejszych badań genetycznych.3, 5, 11 Co więcej, może stanowić ekonomiczną alternatywę dla wielu niezależnych badań molekularnych, usprawniając tym samym proces diagnostyczny.
Tradycyjnie WES zalecano pacjentom ze złożonymi, heterogenicznymi fenotypami sugerującymi wiele schorzeń lub gdy wcześniejsze badania genetyczne nie dały jednoznacznych wyników. Jego zastosowanie w praktyce klinicznej znacznie wzrosło w ostatnich latach, przewyższając standardowe testy genetyczne, takie jak analiza pojedynczych genów, panele NGS i analiza mikromacierzy chromosomowych.4, 10, 13–15 Ponadto pojawiają się coraz liczniejsze dowody potwierdzające wartość ekonomiczną stosowania WGS/WES jako testu pierwszego rzutu.16–18 Wytyczne ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) oraz innych towarzystw medycznych zalecają sekwencjonowanie eksomu/genomu jako badanie diagnostyczne pierwszego lub drugiego rzutu w przypadku, gdy objawy pacjenta lub historia rodzinna wskazują na genetyczne podłoże chorób.19–22 Co więcej, wyniki testów WES mogą przyczynić się do szybszej diagnozy, lepszego zapobiegania objawowym chorobom, bardziej ukierunkowanego leczenia, a nawet wyeliminowania potrzeby przeprowadzania niektórych kosztownych lub inwazyjnych procedur.10 ,14, 15, 19, 23
Szczególnie polecamy CentoXome pacjentom, którzy:
Oferujemy elastyczne opcje testowania i usługi dodatkowe, które umożliwiają przeprowadzenie analizy CentoXome dostosowanej do potrzeb pacjentki, np. WES dla ciąż w toku, w których stwierdzono nieprawidłowości płodu, w celu diagnostyki prenatalnej (CentoXome Prenatal), a nasze multiomiczne rozwiązania WES (CentoXome MOx 1.0 i 2.0) integrują różne zestawy danych, stanowiąc niezwykle skuteczne narzędzia do wczesnej diagnostyki rzadkich i neurodegeneracyjnych chorób.
Z zaangażowaniem w poprawę jakości życia pacjentów z chorobami rzadkimi i neurodegeneracyjnymi, CentoXome oferuje dożywotnie wsparcie diagnostyczne w ramach bezpłatnego i proaktywnego programu reklasyfikacji, a także niedrogą reanalizę na poziomie przypadku w przypadku niepewnych lub negatywnych wyników. Skuteczność diagnostyczna WES stale rośnie dzięki szybkiemu tempu odkryć nowych chorób genetycznych. Szacuje się, że około 10–20% niezdiagnozowanych pacjentów można zdiagnozować poprzez reklasyfikację i reanalizę danych genomicznych.15, 24
| Opcje i usługi dodatkowe | |||
|---|---|---|---|
| Projektowanie testowe* | Analiza genomu mitochondrialnego Solo, Duo, Trio i PLUS jest wykonywana wyłącznie na podstawie próbek pacjenta i matki. | ||
| Rozwiązania testowe | CentoXome | WES do diagnostyki postnatalnej chorób rzadkich i neurodegeneracyjnychCzas realizacji: ≤ 30 dni roboczych | |
| CentoXome MOx** | Rozwiązania do pojedynczych testów multiomicznych integrujące WES z testami biochemicznymi i/lub sekwencjonowaniem RNA w celu wykrycia wariantów splicingowych. CentoXome MOx 1.0 i 2.0 do badań postnatalnych w kierunku chorób rzadkich i neurodegeneracyjnych. CentoXome MOx 1.0 TAT: ≤ 30 dni roboczych. CentoXome MOx 2.0 TAT: ≤ 35 dni roboczych. | ||
| CentoXome Prenatal*** | WES do diagnostyki prenatalnej (ciąża w toku), gdy podczas badania ultrasonograficznego wykryto nieprawidłowości strukturalne płodu lub nie można uzyskać diagnozy za pomocą rutynowych metod prenatalnych. Przyspieszone i priorytetowe badanie, obejmujące hodowlę komórek i analizę zanieczyszczenia komórek matczynych (MCC). Czas realizacji: ≤ 15 dni roboczych. | ||
| CentoXome POC*** | WES to badanie diagnostyczne produktu poczęcia (straty ciąży) w przypadkach wewnątrzmacicznego obumarcia płodu lub urodzenia martwego dziecka w celu lepszego zrozumienia przyczyny utraty płodu i ryzyka nawrotu lub gdy diagnozy nie można uzyskać za pomocą rutynowych metod. Obejmuje hodowlę komórkową i analizę MCC. Czas realizacji: ≤ 30 dni roboczych. | ||
| Warianty CentoXome | Surowe i przetworzone dane WES (pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF wraz z przefiltrowanymi i opatrzonymi adnotacjami plikami wariantów w formacie XLS) dostępne do dalszych badań. Można je pobrać bezpłatnie za pośrednictwem CentoPortal przez okres 30 dni. Czas realizacji: ≤ 20 dni roboczych. | ||
| Opcje dodatkowe | Szybkie przetwarzanie | ≤ 15 dni roboczych (nie dotyczy CentoXome MOx 2.0) | |
| Bezpłatne surowe dane | Dla wszystkich rozwiązań testowych z raportami medycznymi dostępne są opcjonalnie zarówno dane surowe, jak i przetworzone. Dane te obejmują pliki w formatach FASTQ, BAM i VCF, a także przefiltrowany i opatrzony adnotacjami plik wariantowy w formacie XLS. Dane te można pobrać bezpłatnie za pośrednictwem CentoPortal przez okres 30 dni. | ||
| Wsparcie diagnostyczne przez całe życie**** | Proaktywna reklasyfikacja na poziomie wariantu; raport z reklasyfikacji wydawany bez dodatkowych kosztów. Ponowna analiza na poziomie przypadku w przypadku niepewnych/negatywnych wyników (np. nowe informacje kliniczne, odstępy roczne) w przystępnej cenie. | ||
TAT: Czas realizacji
* Solo: testowany jest tylko pacjent indeksowy dotknięty chorobą; Duo: testowany jest pacjent indeksowy i członek rodziny dotknięty chorobą lub nie dotknięty chorobą; Trio: testowany jest pacjent indeksowy i dwóch członków rodziny, dotkniętych chorobą lub nie dotkniętych chorobą; PLUS: testowany jest dodatkowy członek rodziny poza Trio.
** Więcej szczegółów na temat naszych rozwiązań Multiomic .
*** Analiza genomu mitochondrialnego i badania przesiewowe w kierunku UPD oparte na WES nie są oferowane ze względu na ograniczenia techniczne. Więcej informacji na temat badań prenatalnych .
**** Ponowna analiza przypadku jest dostępna tylko dla zamówień z oryginalnymi danymi sekwencyjnymi od sierpnia 2020 r. Więcej informacji na temat Programu Reklasyfikacji Wariantów .
Wybierając naszą metodę WES, lekarze, pacjenci i partnerzy mogą mieć pewność, że otrzymają wysokiej jakości sekwencjonowanie w połączeniu z najlepszą analizą i interpretacją danych, udokumentowane w kompleksowych raportach medycznych. Łącząc szczegółowe dane fenotypowe z danymi genotypowymi za pomocą naszego systemu bioinformatycznego CE-IVD, CENTOGENE precyzyjnie identyfikuje warianty chorobotwórcze, zapewniając najlepsze w swojej klasie raporty kliniczne.
CentoXome zawsze uwzględnia raporty medyczne oparte na naszym doświadczeniu w interpretacji klinicznej, najlepszych w swojej klasie, starannie wyselekcjonowanych danych o wariantach z naszego Biobanku oraz międzynarodowych wytycznych dotyczących najlepszych praktyk. Zespół wysoko wykwalifikowanych genetyków klinicznych i naukowców interpretuje dane i weryfikuje krzyżowo każdy raport medyczny. Wszystkie historyczne, wysokiej jakości klasyfikacje są gromadzone i kodyfikowane w naszym Biobanku, który stanowi punkt odniesienia dla decyzji diagnostycznych i klasyfikacji.
Raporty z badań zawsze zawierają jasne, praktyczne wyniki kliniczne, zalecenia i opcje dalszego postępowania. Są one oparte na fenotypie i koncentrują się na raportowaniu ustaleń związanych z obrazem klinicznym pacjenta/wskazaniami.
Więcej informacji znajdziesz na stronie internetowej poświęconej raportowaniu medycznemu .
Dysregulacja odporności spowodowana mutacjami homozygotycznymi w genie CBLB
Dalsze kliniczne i genetyczne dowody dysfunkcji kompleksu ASC-1 w wrodzonej chorobie nerwowo-mięśniowej
Alternatywne łączenie BUD13 określa ciężkość zaburzeń rozwojowych z lipodystrofią i cechami progeroidalnymi
Nasza globalna sieć obsługi klienta i ekspertów będzie Cię wspierać na każdym kroku.
Wyślij nam wiadomośćWsparcie regionalne1RZADKIE FAKTY – Globalne Genes; 2NIH Genetyka i rzadkie choroby (GARD); 3Cheema i wsp. 2020, PMID: 33083013; 4Clark i wsp. 2018, PMID: 30002876; 5Dane w archiwum CENTOGENE; 6Gross i wsp. 2018, PMID: 30293986; 7Posey i wsp. 2019, PMID: 31234920; 8Schon i in. 2020, PMID: 32674947; 9Scuffins i wsp. 2021, PMID: 33495530;10Stark i wsp. 2016, PMID: 26938784;11Trujillano i in. 2017, PMID: 27848944;12Wagner i wsp. 2019, PMID: 31059585; 13Srivastava i in. 2019, PMID: 31182824; 14 Smith i wsp. 2019, PMID: 29760485; 15 Vissers i in. 2017, PMID: 28333917; 16 Bowling i wsp. 2017, PMID: 28554332; 17 Malinowski i wsp. 2020, PMID: 32203227; 18 Trosman i wsp. 2020, PMID: 31501586); 19 Manickham i wsp. 2021, PMID: 34211152; 20 Matthijs i in. 2016, PMID: 2762856; 21 Souche i in. 2022, PMID: 35577938; 22 Bojkot i in. 2015, PMID: 25951830); 23 Liu i wsp. 2019, PMID: 31216405; 24 Wright i wsp. 2018, PMID: 29323667; 25Zasoby genomu klinicznego. www.clinicalgenome.org; 26 Millera i in. 2021, PMID: 34012069; 27 Richards i wsp. 2015, PMID: 25741868.
