CentoXome®を用いた臨床的に関連のあるイントロン変異の同定
添付の症例研究では、当社の強化型全エクソームシーケンス検査ソリューションであるCentoXomeが、症例の複雑さや他検査機関での解析失敗にもかかわらず、明確な診断を下しました。CENTOGENEは、既知の病原性を持つ臨床的に重要なイントロン変異を検出することで、14歳の少女とその家族に答えを提供することができました。.
全エクソームシーケンス（WES）は、患者のDNAにおける、疾患の原因または関連要因となる変化を特定する包括的な遺伝子検査です。ゲノムのタンパク質コード領域全体（エクソーム）に焦点を当てることで、WESは患者を迅速かつ確実に診断するために必要な情報を提供します。.
CentoXomeによる希少疾患および神経変性疾患診断の障壁克服
7,000種類以上の希少疾患が確認されており、そのうち約801種類が遺伝的原因に関連しているため、希少疾患患者の診断はしばしば困難であり、結果として、長期間にわたり、費用もかさみ、精神的にも大きな負担となる診断の道のりをたどることになる。.1,2
WESを使えば、必ずしもそうである必要はありません。既知の疾患原因変異の大部分（約85%）を含むWESは、希少疾患の原因をより短時間で、より低い総コストで解明し、患者の転帰を改善します。CentoXomeは、WESを次のレベルへと引き上げました。単一の検査で比類のない臨床的網羅性と診断力を提供するよう強化された当社の製品設計と医学的解釈は、希少疾患および神経変性疾患に関する世界最大の実世界データリポジトリであるCENTOGENEバイオデータバンクを活用しています。
希少疾患および神経変性疾患のマルチオミクス検査の専門家による優れた技術と、卓越した臨床カバレッジ、そして比類のない診断力を単一の検査で実現。
CENTOGENEのCE-IVDバイオインフォマティクスパイプラインとCENTOGENEバイオデータベースバンクによって実現される、最高水準の知見
希少疾患患者の生活の質の向上に尽力するチームによる生涯にわたるサポート
CentoXomeの設計とサービスは、希少疾患および神経変性疾患の診断における世界的なリーダーであり信頼できるパートナーとして、卓越した臨床カバレッジと比類のない臨床診断能力を単一の検査で実現し、理想的な品質と性能を提供します。希少疾患および神経変性疾患に関するCENTOGENEバイオデータベースからの知見と優れたオミクス技術を組み合わせることで、標準的なWESと比較して高い診断率を実現するソリューションをご利用いただけます。.3–12
| 主な機能と性能 | |
|---|---|
| 広範囲かつ均一なエクソームおよびミトコンドリアゲノムカバレッジ | 全エクソーム（約20,000遺伝子）、±10 bpのエクソン・イントロン境界、および完全なミトコンドリアゲノム（37遺伝子）を非常に均一にカバー。98以上の%ターゲット領域を20倍以上の倍率でカバー。 |
| 臨床的に重要な地域におけるカバレッジの強化 | 疾患関連遺伝子（ OMIM® 、 HGMD® 、CENTOGENEバイオデータベース）のカバー率が向上し、99以上の%ターゲット領域が20倍以上のカバー率で網羅されています。コーディング領域および非コーディング領域における既知の臨床的に関連するバリアント（ HGMD® 、ClinVar、CENTOGENEバイオデータベース）のカバー率も向上しています。 |
| 高度で高感度な変異検出 | SNV、InDel、SV、エクソンレベルから細胞ゲノムレベルの変化のCNV、およびヘテロプラスミー≥15のmtDNAの検出 %感度SNVおよびInDel（≤50 bp）>99.6 %NVs*> 95.0 %特異度 > 99.9 %は、報告されたすべての変異体について保証されています。**UPD検出*** よく知られている臨床的に関連のある染色体領域: 6q24、7、11p15.5、14q32、15q11q13、20q13、および20 |
SNV: 一塩基多型; 挿入・欠失： 小さな挿入／欠失；; CNV: コピー数変異；; 更新：片親性二倍体；; mtDNA: ミトコンドリアDNA。.
* CNV検出ソフトウェアの感度は95%以上ですが、偽遺伝子などの反復領域や相同領域、および2つ以下のエクソンにまたがるイベントでは感度が低下する可能性があります。.
** 品質が低い、または接合性が不明瞭なバリアントは、直交法によって確認されます。SNV および InDel はサンガーシーケンス法、CNV はマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅法 (MPLA)、定量的ポリメラーゼ連鎖反応 (qPCR)、または染色体マイクロアレイ (CMA) によって確認されます。.
*** UPDのスクリーニングは、臨床的に重要な染色体領域におけるホモ接合性領域（ROH）を検出するために、メンデル遺伝エラー（MIE）に関する社内アルゴリズムを用いて実施されます。必要に応じて、CMAを用いた社内確認検査を保証します。.
CentoXomeは、希少疾患や神経変性疾患の診断において、迅速かつ費用対効果の高いソリューションを提供します。遺伝性疾患が疑われる患者や、以前の遺伝子検査で陰性結果が出た患者において、分子診断を特定するための第一選択検査および第二選択検査の両方として機能します。.3, 5, 11 さらに、複数の独立した分子アッセイに代わる費用対効果の高い選択肢となり、診断プロセスを効率化できる可能性がある。.
WESは従来、複数の疾患を示唆する複雑で多様な表現型を示す患者や、以前の遺伝子検査で結論が出なかった場合に推奨されてきた。近年、臨床現場での利用は著しく増加し、単一遺伝子検査、NGSパネル検査、染色体マイクロアレイ解析といった標準的な遺伝子検査を凌駕している。.4, 10, 13–15 さらに、WGS/WESを第一選択検査として使用することの経済的価値を示す証拠が増えつつある。.16–18 米国医学遺伝学・ゲノム学会（ACMG）をはじめとする医学会のガイドラインでは、患者の症状や家族歴から疾患の遺伝的原因が疑われる場合、エクソーム／ゲノムシーケンスを第一選択または第二選択の診断検査として推奨している。.19–22 さらに、WESによる検査結果は、より迅速な診断、症状のある疾患の予防の改善、より的を絞った治療、あるいは費用のかかる侵襲的な処置の必要性をなくすことにつながる可能性もある。.10 ,14, 15, 19, 23
CentoXomeは、特に以下のような患者様におすすめです。
当社では、患者様のニーズに合わせたCentoXome解析を提供するために、柔軟な検査オプションと追加サービスをご用意しています。例えば、胎児異常のある妊娠中の女性を対象とした出生前診断のためのWES（CentoXome Prenatal）や、さまざまなデータセットを統合したマルチオミクスWESソリューション（CentoXome MOx 1.0および2.0）などがあり、希少疾患や神経変性疾患の早期診断に非常に効果的なツールとして活用できます。.
CentoXomeは、希少疾患や神経変性疾患の患者さんの生活の質の向上に尽力しており、無料かつ積極的な再分類プログラムによる生涯にわたる診断サポートに加え、結果が不確実または陰性の場合の費用対効果の高い症例レベルの再解析も提供しています。WESによる診断率は、新たな遺伝子疾患の発見が急速に進んでいるため継続的に向上しており、再分類とゲノムデータの再解析によって、約10～20%の未診断患者が診断可能になると推定されています。.15, 24
| オプションおよび追加サービス | |||
|---|---|---|---|
| テスト設計* | Solo、Duo、Trio、およびPLUSミトコンドリアゲノム解析は、対象患者と母親のサンプルのみに対して実施されます。 | ||
| テストソリューション | CentoXome | 希少疾患および神経変性疾患の出生後診断検査のためのWES 所要時間：30営業日以内 | |
| CentXome MOx** | WESと生化学検査および/またはRNA-seqを統合したマルチオミクス単一検査ソリューション（スプライシングバリアント用）希少疾患および神経変性疾患の出生後検査用CentoXome MOx 1.0および2.0CentoXome MOx 1.0の所要時間：30営業日以内CentoXome MOx 2.0の所要時間：35営業日以内 | ||
| CentoXome 出生前*** | 胎児の構造異常が超音波検査で検出された場合、または通常の出生前診断法では診断が得られない場合の出生前診断（妊娠継続中）のためのWES。迅速かつ優先的に実施される検査で、細胞培養および母体細胞混入（MCC）分析が含まれます。所要時間：15営業日以内 | ||
| CentoXome POC*** | 子宮内胎児死亡または死産の場合における胎児喪失の原因と再発リスクをよりよく理解するため、あるいは通常の方法では診断が得られない場合に、妊娠産物（流産）の診断検査としてWESを実施します。細胞培養およびMCC分析が含まれます。所要時間：30営業日以内 | ||
| CentoXomeの変異体 | WESの生データおよび処理済みデータ（FASTQ、BAM、VCF形式のファイル、およびフィルタリングと注釈が付けられたXLS形式のバリアントファイル）は、さらなる研究のためにCentoPortal経由で無料でダウンロードできます（30日間）。納期：20営業日以内 | ||
| その他のオプション | 高速処理 | 15営業日以内（CentoXome MOx 2.0には適用されません） | |
| 無料の生データ | 医療レポートが付属するすべての検査ソリューションにおいて、生データと処理済みデータの両方がオプションとして利用可能です。これらのデータには、FASTQ、BAM、VCF形式のファイルに加え、フィルタリングおよび注釈付きのバリアントファイル（XLS形式）が含まれます。これらのデータは、CentoPortalから30日間無料でダウンロードできます。 | ||
| 生涯にわたる診断サポート**** | 積極的なバリアントレベルの再分類。再分類レポートは追加料金なしで発行。不確実/陰性結果に対する症例レベルの再分析（例：新しい臨床情報、1年間隔）を手頃な価格で提供。 | ||
TAT：処理時間
* Solo:感染した指標患者のみを検査します。Duo :指標患者と、感染または非感染の家族を検査します。Trio :指標患者と、感染または非感染の家族2名を検査します。PLUS : Trio に加えて、さらに家族1名を検査します。
** 当社のマルチオミクスソリューションに関する詳細はこちらをご覧ください。
*** 技術的な制約により、WES に基づくミトコンドリアゲノム解析および UPD スクリーニングは提供しておりません。 出生前検査の詳細については、こちらをご覧ください。
**** 症例再解析は、2020年8月以降のオリジナルシーケンスデータを含む注文のみで利用可能です。 バリアント再分類プログラムの詳細については、こちらをご覧ください。
当社のWESを選択することで、医師、患者、パートナーの皆様は、最高品質のシーケンス解析と、包括的な医療レポートに記載された最良のデータ分析および解釈を受けられることを確信していただけます。CE-IVDバイオインフォマティクスパイプラインを用いて、詳細な表現型データと遺伝子型データを組み合わせることで、CENTOGENEは疾患原因となる変異を正確に特定し、最高水準の臨床レポートを提供します。.
CentoXomeは、臨床解釈に関する専門知識、バイオデータベースから厳選された最高水準のバリアントデータ、そして国際的なベストプラクティスガイドラインに基づいた医療レポートを常に提供しています。高度な訓練を受けた臨床遺伝学者と科学者からなるチームがデータを解釈し、すべての医療レポートを相互チェックします。過去の高品質な分類はすべてバイオデータベースに整理・コード化されており、診断決定や分類の参考資料として活用されます。.
検査報告書には、常に明確で実行可能な臨床結果、推奨事項、およびフォローアップの選択肢が記載されています。これらは表現型に基づいて作成され、患者の臨床症状／適応症に関連する所見の報告に重点を置いています。.
詳細については、 医療報告に関するウェブページをご覧ください。 .
BUD13の選択的スプライシングは、脂肪萎縮症および早老症の特徴を伴う発達障害の重症度を決定する。
1珍しい事実 – グローバル遺伝子; 2米国国立衛生研究所（NIH）遺伝学・希少疾患研究部門（GARD）; 3Cheema et al. 2020, PMID: 33083013; 4Clark et al. 2018, PMID: 30002876; 5データはCENTOGENEに保管されています。; 6Gross et al. 2018, PMID: 30293986; 7Posey et al. 2019, PMID: 31234920; 8ショーンら。 2020、PMID: 32674947; 9Scuffins et al. 2021, PMID: 33495530;10Stark et al. 2016, PMID: 26938784;11トルジラーノら。 2017、PMID: 27848944;12Wagner et al. 2019, PMID: 31059585; 13スリバスタヴァら。 2019、PMID: 31182824; 14 Smithら、2019年、PMID: 29760485; 15 Vissers ら。 2017、PMID: 28333917; 16 Bowling et al. 2017, PMID: 28554332; 17 Malinowski et al. 2020, PMID: 32203227; 18 Trosman et al. 2020, PMID: 31501586); 19 Manickham et al. 2021, PMID: 34211152; 20 マタイスら。 2016、PMID: 2762856; 21 スーシュら。 2022、PMID: 35577938; 22 ボイコットら。 2015、PMID: 25951830); 23 Liu et al. 2019, PMID: 31216405; 24 ライトら、2018年、PMID: 29323667; 25臨床ゲノムリソース。. www.clinicalgenome.org; 26 ミラーら。 2021、PMID: 34012069; 27 Richards et al. 2015, PMID: 25741868.
