希少疾患や神経変性疾患について、迅速かつ信頼性の高い診断を確立することは、経験豊富な医師にとっても容易ではありません。しかし、最新の技術の進歩、第一選択の診断検査としての全ゲノムシーケンス（WGS）の活用、そして遺伝的要因に関する理解の深化により、この課題への対応はかつてないほど可能になっています。
CENTOGENEの高度なWGSソリューションであるCentoGenomeは、希少疾患および神経変性疾患の診断における世界最高水準の包括性を誇る検査ソリューションの一つです。1回の検査で、卓越したゲノムカバレッジと診断能力を提供します。 この先進的なソリューションは、最適化されたCE-IVD準拠のバイオインフォマティクス解析パイプラインによる高度な技術と、 CENTOGENE’s Biodatabank を活用した医学専門家による解釈を組み合わせています。CentoGenomeでは、配列バリアントからコピー数バリアント（CNV）、片親性ダイソミー（UPD）、リピートエクスパンションなどのより複雑なバリアントまで、ほぼすべてのタイプのバリアントを1回の検査で検出できます。
PCRフリー技術を採用することで、CentoGenomeはバイアスを大幅に低減し、解析が困難な遺伝子領域においても高品質な配列情報を提供します。これにより、コード領域、調節領域、イントロン領域について、より深い遺伝学的知見を得ることができます。
世界をリードする信頼できるパートナーとして、CENTOGENEは必要に応じて、診断の確認およびバリアント再分類を無償かつ積極的に実施します。
CentoGenomeは、CE-IVD準拠のバイオインフォマティクス解析パイプラインと、CENTOGENE Biodatabankに基づく医学専門家による解釈を活用した高度なデータ解析により、優れたバリアント検出性能を提供します。
CentoGenomeのすべてのメリットと品質を、わずか5営業日で
第一選択検査として、CentoGenomeは希少疾患および神経変性疾患を対象とした、市販されているWGS検査の中でも最も包括的な検査の一つです。1回の検査で、神経疾患との関連が知られている主要なリピートエクスパンションを含め、ほぼすべての疾患原因バさらにCentoGenomeは、脊髄性筋萎縮症（SMA）に関連するコピー数バリアント（CNV）や、ゴーシェ病（GD）およびGBA1関連パーキンソン病（PD）の感受性に関連する疾患原因バリアントについても、高い感度で検出します。リアントをカバーします¹。
新たに設計されたWGSアッセイでは、PCRフリーのアプローチを採用しています。これにより、PCRによって生じる典型的なバイアスを大幅に低減し、均一性の高いカバレッジを実現するとともに、ゲノム上の解析が困難な領域においても、より高品質な配列データと優れたバリアント検出性能を提供します。
| 主な特長・性能 | |
|---|---|
| 均一なゲノムカバレッジ |
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| 高度かつ高感度なバリアント検出 |
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| SMAおよびGD/PD関連バリアントの高精度検出*** |
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SNV：一塩基バリアント
InDel：小さな挿入・欠失
SV：構造バリアント
CNV：コピー数バリアント
UPD：片親性ダイソミー
mtDNA：ミトコンドリアDNA
* 品質が低い、または接合性が明確でないバリアントについては、直交的手法による確認検査を実施します。SNVおよびInDelはサンガーシーケンス、CNVはMLPA（Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification）、qPCR、または染色体マイクロアレイ（CMA）で確認します。必要に応じて、レポート対象となるリピートエクスパンション疾患、UPD、SMN1/SMN2 CNV、GBA1とGBAP1間の遺伝子変換イベントに関連するバリアントについても、それぞれFLA、CMA、MLPA、qPCRなどの直交的手法による社内確認検査を実施します。
** UPDのスクリーニングでは、院内開発アルゴリズムであるメンデル遺伝不一致（MIE）解析を用いて、既知の臨床的に重要な染色体領域におけるホモ接合性領域（ROH）を検出します。リピートエクスパンションのスクリーニングにはExpansionHunterを使用します。
*** SMAのスクリーニングには、SMN1/SMN2 CNVを検出するSMN Callerアルゴリズムを使用します。GBA1のスクリーニングにはGauchianアルゴリズムを使用し、GBAP1との相同性が最も高い領域であるエクソン9～11（NM_000157.3）を含む領域に影響する組換えイベントを検出します。
CentoGenomeは、希少疾患および神経変性疾患の診断に適したソリューションです。遺伝性疾患が疑われる患者さんの分子診断を確立するための第一選択検査として、また、過去に実施した遺伝学的検査で陰性結果となった患者さんに対する第二選択検査としてご利用いただけます。複数の分子検査を個別に実施する場合と比較して、CentoGenomeは分子診断の確立に向けた費用対効果の高い選択肢となる可能性があります。
近年の研究や、医学遺伝学関連学会による声明・推奨では、患者さんの症状や家族歴から疾患の遺伝的要因が疑われる場合、WGSを第一選択または第二選択の診断検査として検討することが支持されています。2–6特に、臨床診断において遺伝的異質性が高い場合や、WGSによって臨床上の有用性が得られる場合、またはより費用対効果の高いアプローチとなる場合に適しています。例えば、米国臨床遺伝・ゲノム学会（ACMG）は、知的障害、発達遅滞、または多発先天異常を有する小児に対して、エクソーム／ゲノムシーケンスを第一選択の検査として使用することを推奨しています。5 5CentoGenomeは、特に以下のような患者さんに推奨されます。
症状が非常に幅広い、複雑、または非特異的で、特定の疾患や典型的な表現型を示唆しない場合：
過去の検査で確定診断に至らなかった場合：
迅速な診断が医学的に必要で、段階的な検査を行う時間がない場合：
当社が実施したWGS研究の一つでは、これまでで最大規模の患者コホートの一つを対象に臨床環境でWGSを実施し、最も包括的な遺伝学的検査としてのWGSの診断能力と、WESと比較した際の優位性を示しました。7 これらの結果は、WGSを遺伝学的検査における「標準治療（standard of care）」として、また希少疾患患者さんに対する第一選択の単独検査として検討すべきことを支持しています。
患者さんのニーズに合わせたソリューションを提供するため、柔軟な検査オプションと追加サービスをご用意しています。これには、胎児異常が確認された妊娠継続中の妊婦さんを対象とした全ゲノムシーケンス（WGS）検査（CentoGenome Prenatal）や、異なるデータセットを統合してより完全な臨床像を捉える先進的なマルチオミクスWGSソリューション（CentoGenome MOx 1.0および2.0）などが含まれます。詳細については、以下の表をご覧ください。
迅速な診断は、適切なタイミングで医学的介入を行ううえで極めて重要となる場合があります。近年の複数の研究では、WGSの高い診断率と短い結果報告までの期間（TAT）により、NICUやPICUで治療を受ける重症の新生児・小児における臨床的意思決定を改善できることが示されています。8–14 CentoGenome Ultra-Fastは、わずか5日間の結果報告までの期間（TAT）で、包括的かつ精度の高い診断ツールとして、重症の新生児・小児の第一選択検査に用いることで、重要な臨床的意思決定の改善に寄与する可能性があります。
患者さんのニーズに合わせた柔軟な検査オプションと追加サービスに加え、無償のバリアント再分類プログラムによる生涯にわたる診断サポート、および費用を抑えた症例単位の再解析を提供しています。
| オプション・追加サービス | |||
|---|---|---|---|
| 検査デザイン* | Solo、Duo、Trio、PLUS。ミトコンドリアゲノム解析は、インデックス患者さんおよび母親の検体のみを対象とします。 | ||
| 検査ソリューション | |||
| CentoGenome | 希少疾患および神経変性疾患の出生後診断を目的としたWGS。TAT：≤20営業日 | ||
| CentoGenome MOx** | WGSと生化学的検査および／またはスプライシングバリアントを対象としたRNA-seqを統合したマルチオミクス・シングルテストソリューション。CentoGenome MOx 1.0および2.0は、希少疾患および神経変性疾患の出生後検査に対応。CentoGenome MOx 1.0 TAT：≤20営業日、CentoGenome MOx 2.0 TAT：≤35営業日 | ||
| CentoGenome Prenatal*** | 超音波検査で胎児の構造異常が確認された妊娠継続中の妊婦さんを対象とした出生前WGS、または通常の出生前検査では診断に至らない場合に実施。優先・迅速検査に対応し、細胞培養および母体細胞混入（MCC）解析を含む。TAT：≤15営業日 | ||
| CentoGenome POC*** | 子宮内胎児死亡または死産における妊娠産物（POC）の診断検査を目的としたWGS。胎児死亡の原因や再発リスクの理解を支援するほか、通常の検査では診断に至らない場合にも対応。細胞培養およびMCC解析を含む。TAT：≤20営業日 | ||
| CentoGenome Variants | さらなる研究利用を目的としたWGSの未加工・処理済みデータ（FASTQ、BAM、VCF形式のファイル、およびフィルタリング・アノテーション済みバリアントファイル［XLS形式］）。CentoPortalから30日間、無償でダウンロード可能。TAT：≤20営業日 | ||
| CentoGenome Ultra-Fast | TAT：≤5営業日 | ||
| 追加オプション | |||
| FAST Processing | ≤15営業日（CentoGenome MOx 2.0には適用されません） | ||
| 生データを無償提供 | 医学的レポートを伴うすべての検査ソリューションで、未加工・処理済みデータをオプションとして提供。FASTQ、BAM、VCF形式、およびフィルタリング・アノテーション済みバリアントファイル（XLS形式）を含む。CentoPortalから30日間、無償でダウンロード可能 | ||
| 生涯にわたる診断サポート**** | バリアントレベルでの積極的な再分類、および追加費用なしでの再分類レポート発行。意義不明または陰性の結果について、症例単位の再解析（新たな臨床情報が得られた場合や、1年ごとの再解析など）を手頃な費用で提供します。 | ||
TAT：結果報告までの期間（Turnaround Time）。TATは、CENTOGENEロストックラボで検体が登録された時点から、CentoPortalへのレポートのアップロードまでを指します。
* Solo：罹患しているインデックス患者さんのみを検査。
Duo：インデックス患者さんと、罹患または非罹患の家族1名を検査。
Trio：インデックス患者さんと、罹患または非罹患の家族2名を検査。
PLUS：Trioに加えて、さらに家族1名以上を検査。
** マルチオミクスソリューション
の詳細をご覧ください。
*** WGSを用いたミトコンドリアゲノム解析、UPD、リピートエクスパンション、SMN1/SMN2 CNVおよびGBA1遺伝子変換のスクリーニングは、技術的な制約により提供していません。出生前遺伝学的検査の詳細をご覧ください。
**** 症例単位の再解析は、2020年8月以降に元のシーケンスデータが取得された注文のみが対象です。バリアント再分類プログラム
の詳細をご覧ください。
数百万ものバリアントの中から疾患原因バリアントを特定することは容易ではありません。NEW CentoGenomeは、世界中の患者さんから得られた数万件のゲノム／エクソーム解析で培った経験を活用し、遺伝的関連疾患が疑われる患者さんの診断を支援します。
WGSサービスを選択することで、医師、患者さん、パートナーは、最先端のWGS PCRフリー技術による高品質なシーケンスに加え、完全自動化されたCE-IVD準拠のバイオインフォマティクス解析パイプラインによる高度なデーその後、高度な訓練を受けた臨床遺伝専門家および科学者のチームがデータを綿密に解釈し、すべての医学的レポートを相互確認します。必要に応じて、直交的手法による社内確認検査を無償で実施します。また、CENTOGENE Biodatabankを活用して結果を確認し、バリアントの病原性を検証することで、最高水準の医学的レポートを提供します。タ解析を利用できます。
検査レポートには、明確で臨床的に活用可能な結果、推奨事項、フォローアップの選択肢が常に記載されます。患者さんの表現型を基盤とし、患者さんの臨床像および検査適応に関連する所見に重点を置いています。
詳細については、Medical Reporting をご覧ください。
BUD13の選択的スプライシングは、脂肪萎縮症および早老症の特徴を伴う発達障害の重症度を決定する。
希少疾患の診断における全ゲノムシーケンスに関する推奨事項
1Data on file at CENTOGENE; 2Boycott et al. 2015, PMID: 25951830; 3Chinese Medical Doctor Association Medical Genetics Branch 2019, PMID: 31216797; 4Manickam et al. 2021, PMID: 34211152; 5Sachdev et al. 2021., PMID: 33566436; 6Souche et al. 2022, PMID: 35577938; 7Bertoli-Avella et al. 2020, PMID: 32860008; 8Kingsmore et al. 2019, PMID: 31564432; 9Petrikin et al. 2018, PMID: 29449963; 10Soden et al. 2014; PMID: 25473036; 11Van Diemen et al. 2017, PMID: 28939701; 12Willig et al. 2015, PMID: 25937001; 13Jezkova et al. 2022, PMID: 36086948; 14Saunders et al. 2012, PMID: 23035047; 15Clinical Genome Resource. https://www.clinicalgenome.org/ ; 16Miller et al. 2021, PMID: 34012069; 17Richards et al. 2015, PMID: 25741868
