質の高い医療報告は、信頼できるパートナーシップを築くための鍵となる。.
CENTOGENEでは、患者様を第一に考えており、それは患者様中心の医療レポートにも反映されています。プロセス全体を通して、最高品質のデータ分析と解釈を保証するための品質管理を実施しています。.
遺伝子型と表現型の解析レベルでの臨床的統合と解釈は、解釈セクションの短い要約とピクトグラムにまとめられており、臨床医が検査結果を迅速に理解できるようになっています。バリアント分類ワークフローは、ACMGとClinGenの推奨に従い、当社の専門臨床科学者が集中的かつ包括的なプロセスを経て実施します。現在、120か国以上から100万人を超える患者データが登録されているCENTOGENEバイオデータベースバンク（701,000人以上が非ヨーロッパ系で、小児症例も多数含まれる）は、分類プロセスを大きくサポートしています。バリアントと疾患の説明、および個別の推奨事項は、臨床医が患者とその家族を診断し、指導する上でさらに役立ちます。各検査について、方法と制限事項に関する透明性のある詳細な説明が提供されています。.
CENTOGENEでは、遺伝子疾患患者の診断において、変異分類を重要なステップと考えています。2015年にACMGが変異分類ガイドラインを初めて発表して以来、ClinGenによってそのプロセスはさらに拡張・発展してきました。CENTOGENEは、これらの最新のガイドラインと推奨事項を医療報告プロセスにいち早く導入し、一塩基多型（SNV）とコピー数多型（CNV）の両方の変異分類に対応しています。変異分類の精度を最大限に高めるため、CENTOGENE独自の変異データベースであるCENTOGENE Biodatabankから得られる知見を活用し、統合しています。このデータベースには、詳細な臨床情報、頻度、地理的起源などが含まれています。.
私たちは、新たに特定された変異を体系的に再評価することで、世界中の希少疾患および神経変性疾患の患者に対する生涯にわたる取り組みとして、すべての新しい分類を無償で積極的に発信しています。.
すべての次世代シーケンシング（NGS）パネルでは、配列バリアントは、ClinGenの推奨事項に加えて、バリアントの分類に関するACMG/AMPガイドラインに従って、5つのクラス（病原性、病原性の可能性が高い、意義不明のバリアント[VUS]、良性の可能性が高い、良性）に分類されます。CNVは、CNVの分類に関するACMG/ClinGenガイドラインに従って、5つのクラス（病原性、病原性の可能性が高い、意義不明のバリアント[VUS]、良性の可能性が高い、良性）に分類されます。その他の臨床的に関連するバリアントの種類（リスク因子、修飾因子など）も特定できます。バリアントの分類には、公開データベースに加えて、CENTOGENE独自のBiodatabankが使用されます。.
最終段階では、特定されたすべての変異体とその注釈について、患者の臨床症状や疑われる診断との関連性の可能性が評価されます。.
全エクソームシーケンス（WES）は、ヒトゲノムのタンパク質コード領域（エクソーム；~1%）を解析します。これには、ヒト疾患との関連が知られていない遺伝子も含まれます。上記ワークフローを用いて同定されたバリアントを分類し、オンラインメンデル遺伝データベース（OMIM）やHGMDなどの公開データベースにあるすべての情報を含めます。®, 遺伝子特異的データベース、出版物（PubMed）、およびCENTOGENEバイオデータバンクなどの遺伝子型-表現型データベース。.
標準的なガイドラインと診断基準に基づき、ヒト疾患の原因として明確に定義されている遺伝子で検出された変異のみが報告されます。これらの変異のうち、患者の表現型に関連するすべての変異が報告書に含まれます。変異の病原性は、提供された臨床情報に基づいて検討されます。患者の臨床像と疾患の家族歴を考慮し、さらなる診断手順が推奨されます。個々の疾患表現型に対して臨床的に意義が確立されている疾患関連多型も報告されます。.
全ゲノムシーケンス（WGS）は、ゲノム解析において最も包括的な手法です。濃縮アーティファクトやカバレッジの問題は発生しません。WGSでは、タンパク質コード領域（約1%）と、残りの非コード領域（約99%）の両方について、SNV、CNV、挿入欠失変異（INDEL）、構造変異（SV）の解析が可能です。WGS解析の報告手順は、WESと同様です。.
場合によっては、2つの病原性または病原性の可能性が高い遺伝子変異が、重複しない臨床症状と関連していたり、単一の主要な表現型に寄与していたりすることがあります。このような場合、報告前に担当医師と症例について話し合う必要がある場合があります。.
臨床医からの要請があれば、患者の疾患や症状とは関連しないものの、医学的に対応可能な遺伝子変異（偶発的または二次的所見）に関する情報も提供します。このような場合、遺伝子変異と、入手可能な潜在的な治療情報（偶発的または二次的所見）を併せて報告します。ACMGの基準に基づき、73種類の選択された遺伝子の変異を報告します。1,2 ガイドライン。.
ミラー、DT、リー、K.、チョン、WK. 他. 臨床エクソームおよびゲノムシーケンスにおける二次的所見の報告に関するACMG SF v3.0リスト：米国医学遺伝学・ゲノム学会（ACMG）の方針声明。. 遺伝医学 (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01172-3
ミラー、DT、リー、K.、ゴードン、AS. 他. 臨床エクソームおよびゲノムシーケンスにおける二次的所見の報告に関する推奨事項、2021年改訂版：米国医学遺伝学・ゲノム学会（ACMG）の政策声明。. 遺伝医学 (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01171-4
