Los informes médicos de alta calidad son la clave para construir una asociación confiable.
En CENTOGENE, priorizamos a nuestros pacientes, lo cual se refleja en nuestros informes médicos centrados en el paciente. Durante todo el proceso, se realizan controles de calidad para garantizar la mejor calidad en el análisis e interpretación de datos.
La integración clínica y la interpretación del análisis genotipo-fenotipo se detallan en un breve resumen en la sección de Interpretación y en el Pictograma para ayudar al profesional clínico a comprender rápidamente el resultado de la prueba. Nuestros científicos clínicos expertos realizan el flujo de trabajo de clasificación de variantes mediante procesos intensivos y exhaustivos, según lo recomendado por el ACMG y ClinGen. El banco de datos biológicos CENTOGENE, que actualmente contiene más de un millón de pacientes de más de 120 países muy diversos, de los cuales más de 70% son de ascendencia no europea, incluyendo una gran proporción de casos pediátricos, facilita enormemente el proceso de clasificación. Las descripciones de variantes y enfermedades, así como las recomendaciones personalizadas, facilitan aún más el diagnóstico y la orientación de los pacientes y sus familias. Para cada ensayo, se proporciona una descripción clara y detallada de los métodos y las limitaciones.
En CENTOGENE, consideramos la clasificación de variantes un paso clave en el diagnóstico de pacientes con trastornos genéticos. Desde la publicación original de las directrices de clasificación de variantes por parte del ACMG en 2015, ClinGen ha ampliado y desarrollado el proceso. CENTOGENE ha sido pionero en la implementación de estas últimas directrices y recomendaciones en nuestro proceso de informes médicos, incluyendo las clasificaciones de variantes de un solo nucleótido (SNV) y de variantes de número de copias (CNV). Para optimizar la clasificación de variantes, también aprovechamos e integramos la información del Biodatabank de CENTOGENE, nuestra base de datos patentada de mutaciones, con información clínica detallada, frecuencia y origen geográfico.
Al reevaluar sistemáticamente las variantes recientemente identificadas, comunicamos de forma proactiva todas las nuevas clasificaciones de forma gratuita como nuestro compromiso de por vida con los pacientes con enfermedades raras y neurodegenerativas de todo el mundo.
Para todos los paneles de secuenciación de próxima generación (NGS) , las variantes de secuencia se clasifican en cinco clases (patogénicas, probablemente patogénicas, variantes de significado incierto [VUS], probablemente benignas y benignas) según las directrices de ACMG/AMP para la clasificación de variantes, además de las recomendaciones de ClinGen. Las CNV se clasifican en cinco clases (patogénicas, probablemente patogénicas, variantes de significado incierto [VUS], probablemente benignas y benignas) según las directrices de ACMG/ClinGen para la clasificación de CNV. Se pueden identificar otros tipos de variantes clínicamente relevantes (p. ej., factores de riesgo, modificadores). Además de las bases de datos públicas, se utiliza el Biobanco de datos propio de CENTOGENE para la clasificación de variantes.
En el paso final, se evalúan todas las variantes identificadas junto con sus anotaciones para determinar su posible relevancia para los síntomas clínicos del paciente y/o el diagnóstico sospechado.
La secuenciación completa del exoma (WES) analiza la región codificante de proteínas del genoma humano (exoma; ~1%). Incluye genes sin asociación conocida con enfermedades humanas. Clasificamos las variantes identificadas mediante el flujo de trabajo mencionado anteriormente, incluyendo toda la información disponible en bases de datos públicas, como la Herencia Mendeliana en Línea en el Hombre (OMIM) y la HGMD.®, bases de datos específicas de genes, publicaciones (PubMed) y bases de datos de genotipo-fenotipo, como el CENTOGENE Biodatabank.
Según las directrices estándar y el contexto diagnóstico, solo se informan las variantes detectadas en genes claramente definidos como causantes de enfermedades humanas. De estas, se incluyen en el informe todas las variantes relevantes relacionadas con el fenotipo del paciente. La patogenicidad de la(s) variante(s) se analiza a la luz de la información clínica proporcionada. Teniendo en cuenta el cuadro clínico del paciente y los antecedentes familiares del trastorno, se recomiendan medidas diagnósticas adicionales. También se informan los polimorfismos asociados a la enfermedad con una significación clínica bien establecida para el(los) fenotipo(s) individual(es) de la enfermedad.
La secuenciación del genoma completo (WGS) es el método más completo para analizar el genoma. Los artefactos de enriquecimiento y los problemas de cobertura no representan un problema. La WGS permite el análisis de SNV, CNV, variantes de inserción-deleción (INDEL) y variantes estructurales (SV) tanto de las regiones codificantes de proteínas (~1%) como de las secuencias no codificantes restantes (~99%). El procedimiento de generación de informes para el análisis de WGS es similar al de WES.
En algunos casos, dos variantes genéticas patógenas o probablemente patógenas se asocian con presentaciones clínicas no coincidentes o contribuyen a un único fenotipo principal. En tales casos, a veces es necesario discutir el caso (antes de notificarlo) con el médico solicitante.
Si el médico lo solicita, también proporcionamos información sobre variantes genéticas no asociadas con la enfermedad o los síntomas del paciente, pero que requieren tratamiento médico (hallazgos incidentales o secundarios). En estos casos, informamos sobre las variantes genéticas junto con cualquier información disponible sobre posibles tratamientos (hallazgos incidentales o secundarios). Informamos sobre variantes en 73 genes seleccionados según el ACMG.1,2 pautas.
Miller, D.T., Lee, K., Chung, W.K. y otros. Lista SF v3.0 de la ACMG para la notificación de hallazgos secundarios en la secuenciación clínica del exoma y del genoma: una declaración de política del Colegio Estadounidense de Genética Médica y Genómica (ACMG). Medicina genética (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01172-3
Miller, DT, Lee, K., Gordon, AS. y otros. Recomendaciones para la notificación de hallazgos secundarios en la secuenciación clínica del exoma y el genoma, actualización de 2021: una declaración de política del Colegio Estadounidense de Genética Médica y Genómica (ACMG). Medicina genética (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01171-4
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