A elaboração de relatórios médicos de alta qualidade é fundamental para construir uma parceria de confiança.
Na CENTOGENE, colocamos nossos pacientes em primeiro lugar, o que se reflete em nossos relatórios médicos centrados no paciente. Ao longo de todo o processo, existem controles de qualidade para garantir a melhor análise e interpretação dos dados.
A integração e interpretação clínica, no nível da análise genótipo-fenótipo, são apresentadas em um breve resumo na seção Interpretação e no Pictograma para auxiliar o médico a compreender rapidamente o resultado do teste. O fluxo de trabalho de classificação de variantes é realizado por nossos cientistas clínicos especializados por meio de processos intensivos e abrangentes, conforme recomendado pela ACMG e ClinGen. O Biobanco CENTOGENE, que atualmente contém mais de 1 milhão de pacientes representando mais de 120 países com grande diversidade, dos quais mais de 701 com a variante TP4T são de ascendência não europeia, incluindo uma grande parcela de casos pediátricos, oferece um suporte significativo ao processo de classificação. Descrições de variantes e doenças, além de recomendações personalizadas, auxiliam ainda mais os médicos no diagnóstico e na orientação de pacientes e suas famílias. Para cada ensaio, é fornecida uma descrição transparente e detalhada dos métodos e limitações.
Na CENTOGENE, consideramos a classificação de variantes uma etapa fundamental no diagnóstico de pacientes com doenças genéticas. Desde a publicação original das diretrizes de classificação de variantes pela ACMG em 2015, o processo foi expandido e aprimorado pela ClinGen. A CENTOGENE foi pioneira na implementação dessas diretrizes e recomendações mais recentes em nosso processo de emissão de laudos médicos, incluindo a classificação de variantes de nucleotídeo único (SNVs) e de número de cópias (CNVs). Para otimizar a classificação de variantes, também aproveitamos e integramos informações do Biobanco CENTOGENE, nosso banco de dados proprietário de mutações com informações clínicas detalhadas, frequência e origem geográfica.
Ao reavaliar sistematicamente as variantes recém-identificadas, comunicamos proativamente todas as novas classificações gratuitamente, como parte do nosso compromisso permanente com pacientes com doenças raras e neurodegenerativas em todo o mundo.
Para todos os painéis de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) , as variantes de sequência são categorizadas em cinco classes (patogênicas, provavelmente patogênicas, variantes de significado incerto [VUS], provavelmente benignas e benignas) de acordo com as diretrizes da ACMG/AMP para classificação de variantes, além das recomendações do ClinGen. As CNVs (variações no número de cópias) são categorizadas em cinco classes (patogênicas, provavelmente patogênicas, variantes de significado incerto [VUS], provavelmente benignas e benignas) de acordo com as diretrizes da ACMG/ClinGen para classificação de CNVs. Outros tipos de variantes clinicamente relevantes podem ser identificados (por exemplo, fatores de risco, modificadores). Além de bancos de dados públicos, o Biodatabank proprietário da CENTOGENE é utilizado para a classificação de variantes.
Na etapa final, todas as variantes identificadas, juntamente com suas anotações, são avaliadas quanto à sua potencial relevância para os sintomas clínicos do paciente e/ou para o diagnóstico suspeito.
O sequenciamento completo do exoma (WES) analisa a região codificadora de proteínas do genoma humano (exoma; ~1%). Inclui genes sem qualquer associação conhecida com doenças humanas. Classificamos as variantes identificadas utilizando o fluxo de trabalho mencionado anteriormente, incluindo todas as informações disponíveis em bancos de dados públicos, como o Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) e o HGMD.®, bases de dados específicas de genes, publicações (PubMed) e bases de dados de genótipo-fenótipo, como o Biobanco CENTOGENE.
Com base nas diretrizes padrão e no contexto diagnóstico, apenas as variantes detectadas em genes bem definidos como causadores de doenças humanas são relatadas. Dentre essas, todas as variantes relevantes relacionadas ao fenótipo do paciente são incluídas no relatório. A patogenicidade da(s) variante(s) é discutida à luz das informações clínicas fornecidas. Levando em consideração o quadro clínico do paciente e o histórico familiar da doença, são recomendadas etapas diagnósticas adicionais. Polimorfismos associados à doença com significado clínico bem estabelecido para o(s) fenótipo(s) específico(s) da doença também são relatados.
O sequenciamento de genoma completo (WGS) é o método mais abrangente para analisar o genoma. Artefatos de enriquecimento e problemas de cobertura não representam um problema. O WGS permite a análise de variantes de nucleotídeo único (SNVs), variações no número de cópias (CNVs), variantes de inserção/deleção (INDELs) e variantes estruturais (SVs) tanto de aproximadamente 11.000 regiões codificadoras de proteínas quanto das aproximadamente 991.000 sequências não codificadoras restantes. O procedimento de geração de relatórios para análises de WGS é semelhante ao do sequenciamento de exoma completo (WES).
Em alguns casos, duas variantes genéticas patogênicas ou provavelmente patogênicas estão associadas a apresentações clínicas não sobrepostas ou contribuem para um único fenótipo principal. Nesses casos, às vezes é necessário discutir o caso (antes de emitir o laudo) com o médico solicitante.
Se solicitado pelo médico, também fornecemos informações sobre variantes genéticas não associadas à doença ou aos sintomas do paciente, mas que são clinicamente relevantes (achados incidentais ou secundários). Nesses casos, relatamos as variantes genéticas juntamente com quaisquer informações disponíveis sobre possíveis tratamentos (achados incidentais ou secundários). Relatamos variantes em 73 genes selecionados de acordo com a ACMG.1,2 diretrizes.
Miller, DT, Lee, K., Chung, WK. e outros. Lista ACMG SF v3.0 para relato de achados secundários em sequenciamento clínico de exoma e genoma: uma declaração de política do American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Medicina Genética (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01172-3
Miller, DT, Lee, K., Gordon, AS. e outros. Recomendações para o relato de achados secundários no sequenciamento clínico de exoma e genoma, atualização de 2021: uma declaração de política do Colégio Americano de Genética Médica e Genômica (ACMG). Medicina Genética (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01171-4
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