1 lutego 2019
CENTOGENE, firma zajmująca się chorobami rzadkimi, której celem jest poprawa jakości życia pacjentów cierpiących na te choroby poprzez dostarczanie rozwiązań przyspieszających rozwój leków, opublikowała opracowanie ramowych zasad optymalizacji czułości i swoistości diagnostyki opartej na sekwencjonowaniu całego eksomu (WES) w klinicznie heterogenicznej populacji pacjentów z wykorzystaniem walidacji ortogonalnego sekwencjonowania Sangera.
Chociaż sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) wyraźnie zastępuje metodę sekwencjonowania DNA metodą Sangera nie tylko w badaniach naukowych, ale także w rutynowych testach diagnostyki genetycznej, badania wykazały, że nie jest ono tak wiarygodne, jak samodzielny test genetyczny. Ponieważ NGS generuje znaczną liczbę wyników fałszywie dodatnich i fałszywie ujemnych, firma CENTOGENE opracowała sposób optymalizacji równoległego sekwencjonowania ortogonalnego wariantów metodą Sangera w przypadku przypadków granicznych. W styczniowym numerze czasopisma Genetics in Medicine z 2019 roku firma CENTOGENE przedstawiła w artykule zatytułowanym ‘Opracowanie opartego na dowodach algorytmu optymalizującego czułość i swoistość w diagnostyce opartej na ES klinicznie heterogenicznej populacji pacjentów’ ramy, w których możliwe jest spójne ocenianie i monitorowanie wariantów NGS, co znacząco zmniejsza obciążenie związane z tą dodatkową walidacją.
Firma CENTOGENE opracowała drzewo decyzyjne, które uwzględnia trzy cechy charakterystyczne dla wariantu: wynik jakości, liczbę odczytów i częstość występowania. Dzięki temu predyktorowi możliwe jest sklasyfikowanie 91,7% wariantów ze swoistością 100% i czułością 99,8%, pozostawiając jedynie 8,3% wariantów do potwierdzenia dodatkowym sekwencjonowaniem Sangera. Ten wynik pozwala uniknąć nadmiernego i niedostatecznego filtrowania wyników, umożliwiając postawienie trafniejszej diagnozy u pacjentów cierpiących na rzadkie choroby, które w przeciwnym razie zostałyby pominięte. Implikacje tego wzrostu swoistości i czułości przekładają się również na bardziej spójne możliwości monitorowania.
“Nowe ramy, które opracowaliśmy w celu optymalizacji czułości i swoistości diagnostyki opartej na WES, podkreślają strategiczny cel CENTOGENE – transformację danych klinicznych i genetycznych w celu umożliwienia szybkiej diagnostyki chorób dziedzicznych” – powiedział profesor Peter Bauer, dr n. med., dyrektor naukowy CENTOGENE i główny autor badania. “Ramy te można zoptymalizować w przemyśle, środowisku akademickim i klinice bez uszczerbku dla dokładności diagnostyki genetycznej”.”
Badanie przeprowadzono na rozległej, rzeczywistej populacji pacjentów i objęło ono dane dotyczące około 1000 potencjalnych wariantów genomu. Próbki pacjentów dostarczono w postaci krwi EDTA lub w postaci wysuszonych kropel krwi na kartach filtracyjnych, wykorzystując CentoCard® firmy CENTOGENE – globalne rozwiązanie logistyczne opracowane przez CENTOGENE w celu uproszczenia globalnego pobierania próbek.
