1 de febrero de 2019
CENTOGENE, una empresa de enfermedades raras comprometida a mejorar las vidas de los pacientes de enfermedades raras al brindar soluciones que aceleran el desarrollo de medicamentos, ha publicado el desarrollo de un marco de fundamento para optimizar la sensibilidad y especificidad en los diagnósticos basados en la secuenciación del exoma completo (WES) de una población de pacientes clínicamente heterogénea utilizando la validación de secuenciación de Sanger ortogonal.
Si bien la secuenciación de nueva generación (NGS) está reemplazando claramente al método de secuenciación de ADN de Sanger, no solo para la investigación, sino también para las pruebas de diagnóstico genético de rutina, los estudios han demostrado que no es tan confiable como una prueba genética independiente. Dado que la NGS introduce un número relevante de falsos positivos y falsos negativos, CENTOGENE ha determinado cómo optimizar el uso de la secuenciación ortogonal de variantes de Sanger en paralelo al analizar casos límite. En la edición de enero de 2019 de Genetics in Medicine, CENTOGENE describió en el manuscrito titulado 'Desarrollo de un algoritmo basado en la evidencia que optimiza la sensibilidad y la especificidad en los diagnósticos basados en ES de una población de pacientes clínicamente heterogénea' un marco donde las llamadas de variantes de NGS pueden evaluarse y monitorearse de manera consistente, reduciendo significativamente la carga de esta validación adicional.
CENTOGENE ha desarrollado un árbol de decisión que considera tres características específicas de cada variante: puntuación de calidad, número de lecturas y frecuencia. Mediante este predictor, es posible clasificar 91,71 TP4T de variantes con una especificidad de 1001 TP4T y una sensibilidad de 99,81 TP4T, dejando solo 8,31 TP4T de variantes por confirmar mediante secuenciación Sanger adicional. Este resultado evita el sobrefiltrado y la subfiltración de resultados, lo que permite generar un diagnóstico más preciso para pacientes con enfermedades raras que, de otro modo, se habrían pasado por alto. Las implicaciones de este aumento en la especificidad y la sensibilidad también se traducen en capacidades de monitorización más consistentes.
“El nuevo marco que hemos desarrollado para optimizar la sensibilidad y la especificidad en los diagnósticos basados en WES subraya el enfoque estratégico de CENTOGENE: transformar los datos clínicos y genéticos para impulsar el diagnóstico médico rápido de enfermedades hereditarias”, afirmó el profesor Peter Bauer, MD, director científico de CENTOGENE y autor principal del estudio. “Este marco puede optimizarse en la industria, el ámbito académico y la clínica sin comprometer la precisión del diagnóstico genético”.”
El estudio se realizó en una amplia población de pacientes del mundo real e incorpora datos de aproximadamente 1000 variantes genómicas candidatas. Las muestras de los pacientes se proporcionaron como sangre con EDTA o como gotas de sangre seca en tarjetas de filtro utilizando CentoCard® de CENTOGENE, una solución logística global desarrollada por CENTOGENE para simplificar la recolección de muestras a nivel mundial.
