Wysokiej jakości raporty medyczne są kluczem do zbudowania zaufanego partnerstwa.
W CENTOGENE stawiamy naszych pacjentów na pierwszym miejscu, co znajduje odzwierciedlenie w naszych raportach medycznych, które są zorientowane na pacjenta. W całym procesie przeprowadzane są kontrole jakości, aby zapewnić najwyższą jakość analizy i interpretacji danych.
Integracja kliniczna i interpretacja na poziomie analizy genotypowo-fenotypowej zostały przedstawione w krótkim podsumowaniu w sekcji „Interpretacja” oraz w formie piktogramu, co ułatwia klinicystom szybkie zrozumienie wyników testu. Klasyfikacja wariantów jest przeprowadzana przez naszych doświadczonych naukowców klinicznych, którzy stosują intensywne i kompleksowe procedury, zgodnie z zaleceniami ACMG i ClinGen. Biobaza danych CENTOGENE, która obecnie zawiera ponad milion pacjentów reprezentujących ponad 120 bardzo zróżnicowanych krajów, z czego ponad 701 TP4T to osoby pochodzenia pozaeuropejskiego, w tym znaczna część przypadków pediatrycznych, znacząco wspiera proces klasyfikacji. Opisy wariantów i chorób oraz dostosowane zalecenia dodatkowo pomagają klinicystom w diagnozowaniu i kierowaniu pacjentami i ich rodzinami. Do każdego testu dołączono przejrzysty i szczegółowy opis metod i ograniczeń.
W CENTOGENE uważamy klasyfikację wariantów za kluczowy krok w diagnozowaniu pacjentów z zaburzeniami genetycznymi. Od czasu pierwotnej publikacji ACMG w 2015 roku dotyczącej wytycznych klasyfikacji wariantów, proces ten został rozszerzony i rozwinięty przez ClinGen. CENTOGENE jest pionierem we wdrażaniu tych najnowszych wytycznych i zaleceń do naszego procesu raportowania medycznego – obejmującego klasyfikację wariantów zarówno pojedynczych wariantów nukleotydowych (SNV), jak i wariantów liczby kopii (CNV). Aby zmaksymalizować skuteczność klasyfikacji wariantów, wykorzystujemy i integrujemy również dane z CENTOGENE Biodatabank, naszej zastrzeżonej bazy danych mutacji, zawierającej szczegółowe informacje kliniczne, częstość występowania i pochodzenie geograficzne.
Dzięki systematycznej ponownej ocenie nowo zidentyfikowanych wariantów proaktywnie i bezpłatnie komunikujemy wszystkie nowe klasyfikacje, co jest wyrazem naszego dożywotniego zaangażowania w opiekę nad pacjentami z rzadkimi i neurodegeneracyjnymi chorobami na całym świecie.
W przypadku wszystkich paneli sekwencjonowania nowej generacji (NGS) warianty sekwencji są klasyfikowane do pięciu klas (patogenne, prawdopodobnie patogenne, wariant o niepewnym znaczeniu [VUS], prawdopodobnie łagodne i łagodne) zgodnie z wytycznymi ACMG/AMP dotyczącymi klasyfikacji wariantów, a także zaleceniami ClinGen. CNV są klasyfikowane do pięciu klas (patogenne, prawdopodobnie patogenne, wariant o niepewnym znaczeniu [VUS], prawdopodobnie łagodne i łagodne) zgodnie z wytycznymi ACMG/ClinGen dotyczącymi klasyfikacji CNV. Można zidentyfikować inne rodzaje klinicznie istotnych wariantów (np. czynniki ryzyka, modyfikatory). Oprócz publicznych baz danych, do klasyfikacji wariantów wykorzystywany jest zastrzeżony Biodatabank firmy CENTOGENE.
Na ostatnim etapie wszystkie zidentyfikowane warianty wraz z adnotacjami są oceniane pod kątem potencjalnego związku z objawami klinicznymi pacjenta i/lub podejrzewanym rozpoznaniem.
Sekwencjonowanie całego eksomu (WES) analizuje region kodujący białka w ludzkim genomie (eksom; ~1%). Obejmuje ono geny bez żadnego znanego związku z chorobami u ludzi. Klasyfikujemy zidentyfikowane warianty, korzystając z opisanego powyżej schematu pracy, uwzględniając wszystkie dostępne informacje z publicznych baz danych, takich jak Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) i HGMD.®, bazy danych dotyczące konkretnych genów, publikacje (PubMed) oraz bazy danych genotypowo-fenotypowych, np. CENTOGENE Biodatabank.
Zgodnie ze standardowymi wytycznymi i kryteriami diagnostycznymi, raportowane są wyłącznie warianty wykryte w genach, które są dobrze zdefiniowane pod względem wywoływania chorób u ludzi. Spośród nich w raporcie uwzględniono wszystkie istotne warianty związane z fenotypem pacjenta. Patogenność wariantu/wariantów omówiono w świetle podanych informacji klinicznych. Biorąc pod uwagę obraz kliniczny pacjenta i historię rodzinną choroby, zaleca się dalsze postępowanie diagnostyczne. Raportowane są również polimorfizmy związane z chorobą o dobrze udokumentowanym znaczeniu klinicznym dla danego fenotypu/fenotypów choroby.
Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) to najbardziej kompleksowa metoda analizy genomu. Artefakty wzbogacenia i problemy z pokryciem nie stanowią problemu. WGS umożliwia analizę SNV, CNV, wariantów insercyjno-deletyjnych (INDEL) oraz wariantów strukturalnych (SV) zarówno dla ~1% regionów kodujących białka, jak i dla pozostałych ~99% sekwencji niekodujących. Procedura raportowania dla analizy WGS jest podobna do WES.
W niektórych przypadkach dwa patogenne lub prawdopodobnie patogenne warianty genetyczne są powiązane z nienakładającymi się na siebie obrazami klinicznymi lub przyczyniają się do powstania jednego głównego fenotypu. W takich przypadkach konieczne jest omówienie przypadku (przed zgłoszeniem) z lekarzem zlecającym badanie.
Na życzenie lekarza, udostępniamy również informacje o wariantach genów niezwiązanych z chorobą lub objawami pacjenta, ale uzasadnionych medycznie (objawy uboczne lub wtórne). W takich przypadkach raportujemy warianty genów wraz z wszelkimi dostępnymi informacjami dotyczącymi potencjalnego leczenia (objawy uboczne lub wtórne). Raportujemy warianty w 73 wybranych genach zgodnie z ACMG.1,2 wytyczne.
Miller, DT, Lee, K., Chung, WK. i wsp. Lista ACMG SF v3.0 dotycząca raportowania wyników badań wtórnych w sekwencjonowaniu eksomu i genomu klinicznego: oświadczenie polityki American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01172-3
Miller, DT, Lee, K., Gordon, AS. i wsp. Zalecenia dotyczące raportowania wyników badań wtórnych w sekwencjonowaniu eksomu i genomu klinicznego, aktualizacja z 2021 r.: oświadczenie polityczne American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01171-4
Nasza globalna sieć obsługi klienta i ekspertów będzie Cię wspierać na każdym kroku.
Wyślij nam wiadomośćWsparcie regionalne
