希少疾患や神経変性疾患の迅速かつ確実な診断は、熟練した医師にとっても困難な場合があります。しかし、最新の技術進歩、第一選択の診断検査としての全ゲノムシーケンス（WGS）の活用、そして遺伝的要因に関する理解の深化により、この課題はこれまで以上に克服しやすくなっています。.
CENTOGENEの強化型WGSソリューションであるCentoGenomeは、希少疾患および神経変性疾患の診断において世界で最も包括的なツールの1つであり、単一の検査で比類のないゲノムカバレッジと診断力を提供します。この最先端ソリューションは、合理化されたCE-IVDバイオインフォマティクスパイプラインと医療専門家による解釈によって駆動される優れたテクノロジーを組み合わせています。 セントジーンのバイオデータベース. CentoGenomeは、配列変異からコピー数変異、片親性二倍体、反復配列伸長などのより複雑な変異まで、ほぼすべての種類の変異を1回の検査で検出できます。.
CentoGenomeは、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を用いない技術を導入することで、バイアスを大幅に低減し、配列決定が困難な遺伝子領域についても高品質な配列情報を提供することで、コーディング領域、調節領域、イントロン領域に関するより深い知見を可能にします。.
世界的なリーダーであり信頼できるパートナーであるCENTOGENEは、必要に応じて、無償かつ積極的な診断確認と変異の再分類を提供します。.
CentoGenomeは、CE-IVDバイオインフォマティクスパイプラインによる高度なデータ分析と、CENTOGENEバイオデータベースを活用した医療専門家による解釈を組み合わせることで、優れた変異検出を実現します。.
CentoGenomeのすべてのメリットと品質をわずか5営業日で体験
CentoGenomeは、第一選択検査として、希少疾患および神経変性疾患の両方を対象とした市販のWGS検査の中で最も包括的なものの1つであり、神経疾患に関連する既知の反復配列伸長のほとんどを含む、ほぼすべての疾患原因変異を単一の検査で網羅しています。1. CentoGenomeは、脊髄性筋萎縮症（SMA）に関連するコピー数多型（CNV）や、ゴーシェ病（GD）および疾患感受性に関連する疾患原因変異も検出します。 GBA1パーキンソン病（PD）に関連するもので、最も高い感度を示します。.
新たに設計されたWGSアッセイは、PCRを用いない手法を採用しています。これにより、PCRによって生じる典型的なバイアスが大幅に軽減され、ゲノムの従来困難な領域においても、より均一なカバレッジと優れたバリアント検出性能を実現することで、より高品質なシーケンスデータが得られます。.
| 主な機能と性能 | |
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| 均一なゲノムカバレッジ |
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| 高度で高感度な変異検出 |
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| 変異体の検出機能の向上 SMAおよびGD/PDに関連する*** |
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SNV: 一塩基多型; 挿入・欠失： 小さな挿入／欠失；; SV: 構造変異体；; CNV: コピー数変異；; 更新: 片親性二倍体; mtDNA: ミトコンドリアDNA
* 品質が低い、または接合性が不明瞭なバリアントは、直交法によって確認されます。SNV および InDel はサンガー シーケンス、CNV はマルチプレックス ライゲーション依存性プローブ増幅法 (MLPA)、定量的ポリメラーゼ連鎖反応 (qPCR)、または染色体マイクロアレイ (CMA) によって確認されます。反復伸長疾患、UPD に関連する報告されたバリアントについては、必要に応じて直交法を使用した内部確認テストも保証されます。, SMN1/SMN2 CNVと変換イベント GBA1 そして GBAP1, それぞれ断片長解析（FLA）、CMA、MLPA、qPCRによって解析した。
** UPDのスクリーニングは、臨床的に重要な染色体領域におけるホモ接合性領域（ROH）を検出するために、メンデル遺伝エラー（MIE）に関する社内アルゴリズムを使用して実施されます。反復配列の伸長のスクリーニングは、ExpansionHunterによって実施されます。.
*** SMAスクリーニングはSMN Callerアルゴリズムを使用して検出されます SMN1/SMN2 CNV。. GBA1 スクリーニングは、エクソン9～11（NM_000157.3）を含む領域に影響を与える組換えイベントを検出するためにガウチアルゴリズムを使用して実行され、この領域は最も高い相同性を持つ。 GBAP1
CentoGenomeは、希少疾患や神経変性疾患の診断に最適なソリューションです。遺伝性疾患が疑われる患者における分子診断を確立するための第一選択検査として、あるいは以前の遺伝子検査で陰性だった患者における第二選択検査として利用できます。CentoGenomeは、複数の独立した分子アッセイを実施する場合と比較して、分子診断を確立するための費用対効果の高い代替手段となる可能性があります。.
最近の研究では、臨床WGSに関する医学遺伝学会の声明と勧告は、患者の症状や家族歴から疾患の遺伝的原因が示唆される場合、WGSを第一選択または第二選択の診断検査として支持しています。2 ～6これは特に、臨床診断が高度な遺伝的多様性と関連しており、WGSによって臨床的に有意な改善が見られ、かつ/または費用対効果の高いアプローチとなる場合に当てはまります。例えば、米国医学遺伝学・ゲノミクス学会（ACMG）は、知的障害、発達遅延、または複数の先天異常のある小児に対して、エクソーム/ゲノムシーケンスを第一選択の検査として使用することを推奨しています。5当院では、特に以下の症例の患者にCentoGenomeを推奨しています。
症状は非常に広範囲にわたり、複雑で、非特異的であり、特定の疾患や典型的な表現型を示唆するものではない。例えば、
以前の検査では、以下のような決定的な診断は得られませんでした。
迅速な診断は医療上不可欠であり、以下のような場合、連続的な検査戦略をとる時間的余裕が常にあるとは限らない。
我々が行ったWGS研究の一つでは、これまでで最大規模の患者コホートの一つにおいて臨床現場でWGSを実施し、最も包括的な遺伝子検査としてのWGSの診断能力と、WESと比較した場合のWGSの強みを実証しました。.7 この結果は、WGSが「‘標準治療‘遺伝子検査だけでなく、希少疾患患者に対する第一選択の単独検査としても使用される。.
当院では、患者様のニーズに合わせたソリューションを提供するため、柔軟な検査オプションと追加サービスをご用意しております。胎児異常のある妊娠継続中の患者様向けの全ゲノムシーケンス（WGS）（CentoGenome Prenatal）をはじめ、様々なデータセットを統合して最も包括的な臨床像を捉える最先端のマルチオミクスWGSソリューション（CentoGenome MOx 1.0および2.0）など、幅広いサービスをご提供しています。詳細は下記の表をご覧ください。.
迅速な診断は、タイムリーかつ適切な医療介入にとって極めて重要です。最近の複数の研究では、全ゲノムシーケンス（WGS）の高い診断率と短い検査時間により、新生児集中治療室（NICU）および小児集中治療室（PICU）における重症新生児および小児の臨床的意思決定が改善されることが示されています。.8–14 CentoGenomeは超高速で、わずか5日間で結果をお届けします。, これは、重篤な新生児や小児の診断における第一選択検査として使用された場合、重要な意思決定を改善する可能性のある、包括的かつ正確なツールとして機能します。.
当院では、患者様のニーズに合わせた柔軟な検査オプションと追加サービスをご提供するとともに、無料の再分類プログラムによる生涯にわたる診断サポート、そして手頃な価格での症例レベルの再分析も行っています。.
| オプションおよび追加サービス | |||
|---|---|---|---|
| テスト設計* | Solo、Duo、Trio、およびPLUSミトコンドリアゲノム解析は、対象患者と母親のサンプルのみに対して実施されます。 | ||
| テストソリューション | |||
| セントゲノム | 希少疾患および神経変性疾患の出生後診断検査のための全ゲノムシーケンス（WGS） 所要時間：20営業日以内 | ||
| CentoGenome MOx** | WGSと生化学検査および/またはスプライシングバリアントのRNA-seqを統合したマルチオミクス単一検査ソリューションCentoGenome MOx 1.0および2.0は、希少疾患および神経変性疾患の出生後検査用です。CentoGenome MOx 1.0の所要時間：20営業日以内CentoGenome MOx 2.0の所要時間：35営業日以内 | ||
| セントゲノム出生前*** | 胎児の構造異常が超音波検査で検出された場合、または通常の出生前検査法では診断が得られない場合の出生前診断（妊娠継続中）のための全ゲノムシーケンス（WGS）。迅速かつ優先的な検査で、細胞培養および母体細胞混入（MCC）分析が含まれます。所要時間：15営業日以内 | ||
| CentoGenome POC*** | 子宮内胎児死亡または死産の場合における胎児喪失の原因と再発リスクをよりよく理解するため、あるいは通常の方法では診断が得られない場合に、妊娠産物（流産）の診断検査のための全ゲノムシーケンス（WGS）を実施します。細胞培養およびMCC分析を含みます。所要時間：20営業日以内 | ||
| CentoGenomeバリアント | WGSの生データおよび処理済みデータ（FASTQ、BAM、VCF形式のファイル、およびXLS形式のフィルタリングおよび注釈付きバリアントファイル）は、さらなる研究のためにCentoPortal経由で無料でダウンロードできます（30日間）。納期：20営業日以内 | ||
| CentoGenome 超高速 | 納期：5営業日以内 | ||
| その他のオプション | |||
| 高速処理 | 15営業日以内（CentoGenome MOx 2.0には適用されません） | ||
| 無料の生データ | 医療レポートが付属するすべての検査ソリューションにおいて、生データと処理済みデータの両方がオプションとして利用可能です。これらのデータには、FASTQ、BAM、VCF形式のファイルに加え、フィルタリングおよび注釈付きのバリアントファイル（XLS形式）が含まれます。これらのデータは、CentoPortalから30日間無料でダウンロードできます。 | ||
| 生涯にわたる診断サポート**** | 積極的なバリアントレベルの再分類。再分類レポートは追加料金なしで発行。不確実/陰性結果に対する症例レベルの再分析（例：新しい臨床情報、1年間隔）を手頃な価格で提供。 | ||
TAT：処理時間。処理時間は、CENTOGENEロストック研究所でのサンプル登録時から始まり、CentoPortalへのレポートアップロードで終了します。
*ソロ：感染した指標患者のみを検査します。デュオ：指標患者と、感染しているまたは感染していない家族を検査します。トリオ：指標患者と、感染しているまたは感染していない家族2人を検査します。プラス：トリオ以外の家族1人を検査します。
** 当社のマルチオミクスソリューションに関する詳細はこちらをご覧ください。
*** 技術的な制約により、WGS に基づくミトコンドリアゲノム解析、および UPD、反復配列の伸長、 SMN1 / SMN2 CNV、 GBA1遺伝子変換のスクリーニングは提供しておりません。 出生前検査の詳細については、こちらをご覧ください。
**** 症例再解析は、2020年8月以降のオリジナルシーケンスデータを含む注文のみで利用可能です。 バリアント再分類プログラムの詳細については、こちらをご覧ください。.
数百万もの遺伝子変異の中から、疾患の原因となる変異を特定するのは困難です。NEW CentoGenomeは、世界中の患者から採取した数万ものゲノム／エクソームの解析経験を活かし、遺伝的関連疾患が疑われる患者の診断を支援します。.
当社のWGSサービスをご利用いただくことで、医師、患者様、そしてパートナーの皆様は、最先端のWGS PCRフリー技術と、完全自動化されたCE-IVDバイオインフォマティクスパイプラインによる高度なデータ解析を組み合わせた、高品質なシーケンス解析結果をお約束いたします。その後、高度な訓練を受けた臨床遺伝学者と科学者からなる当社のチームが、データを綿密に解釈し、すべての医療レポートを相互チェックします。必要に応じて、直交法を用いた社内確認試験を無料で実施し、CENTOGENEバイオデータベースを活用して結果を確認し、変異の病原性を検証することで、最高水準の医療レポートをお届けします。.
検査報告書には、常に明確で実行可能な臨床結果、推奨事項、およびフォローアップの選択肢が記載されています。これらは表現型に基づいて作成され、患者の臨床症状／適応症に関連する所見の報告に重点を置いています。.
詳細については、 医療報告に関するウェブページをご覧ください。 .
BUD13の選択的スプライシングは、脂肪萎縮症および早老症の特徴を伴う発達障害の重症度を決定する。
希少疾患の診断における全ゲノムシーケンスに関する推奨事項
1 CENTOGENE に保管されているデータ。2 Boycott et al. 2015、PMID: 25951830。3 中国医師会医学遺伝学支部2019 、PMID: 31216797。4 Manickam et al. 2021、PMID: 34211152。5 Sachdev et al. 2021、PMID: 33566436。6 Souche et al. 2022、PMID: 35577938。7 Bertoli-Avella et al. 2020、PMID: 32860008。8 Kingsmore et al. 2019、PMID : 31564432。9 Petrikin et al. 2018、PMID : 29449963。 10ソーデンら。 2014年; PMID: 25473036; 11ヴァン・ディーメンら。 2017、PMID: 28939701; 12ウィリグら。 2015、PMID: 25937001; 13ジェスコバら。 2022、PMID: 36086948 ; 14サンダースら。 2012、PMID: 23035047; 15臨床ゲノムリソース。 https://www.clinicalgenome.org/ ; 16ミラーら。 2021、PMID: 34012069; 17リチャーズら。 2015、PMID: 25741868
