高品質な医学的レポーティングは、信頼されるパートナーシップを築くための重要な基盤です。
CENTOGENEは、患者さんを第一に考えています。その姿勢は、患者さんを中心に据えた医学的レポートにも反映されています。プロセス全体を通じて品質管理を行い、データ解析および解釈において最高水準の品質を確保しています。
遺伝型と表現型（genotype-phenotype）の解析に基づく臨床的な統合・解釈は、「Interpretation（解釈）」セクションおよびピクトグラムに簡潔にまとめられており、医師が検査結果を迅速に把握できるよう設計されています。バリアントの分類は、ACMGおよびClinGenの推奨に基づき、当社の臨床専門家が綿密かつ包括的なプロセスを通じて実施しています。 現在100万人を超える患者さんのデータを有し、120か国以上の多様な国々を代表するCENTOGENE Biodatabankは、70%以上が欧州系以外の患者さんで構成されており、小児の症例も多く含まれています。この豊富なデータは、バリアント分類プロセスを大きく支えています。 さらに、バリアントおよび疾患に関する詳細な説明や、検査結果に応じた推奨事項を提供することで、医師による診断や患者さん・ご家族への適切なガイダンスを支援します。各検査項目について、検査方法およびその限界についても、透明性の高い詳細な説明を記載しています。
CENTOGENEでは、バリアント分類を遺伝性疾患の診断における重要なステップと考えています。2015年にACMGがバリアント分類ガイドラインを初めて発表して以来、そのプロセスはClinGenによってさらに拡充・発展してきました。 CENTOGENEは、これらの最新のガイドラインおよび推奨事項を医学的レポーティングプロセスにいち早く導入してきたパイオニアの一社です。単一塩基バリアント（SNV）およびコピー数バリアント（CNV）の分類にも、これらのガイドラインを適用しています。 バリアント分類の精度を最大限に高めるため、CENTOGENEは独自の変異データベースであるCENTOGENE Biodatabankから得られる知見も活用・統合しています。このデータベースには、詳細な臨床情報に加え、バリアントの頻度や地理的分布に関する情報が蓄積されています。
新たに同定されたバリアントを体系的に再評価することで、最新の分類結果を積極的にお知らせしています。これは、世界中の希少疾患および神経変性疾患の患者さんに対する、生涯にわたる私たちのコミットメントの一環として、無償で提供しています。
すべての次世代シーケンシング（NGS）パネルでは、バリアントの分類に関するACMG/AMPガイドラインに加え、ClinGenの推奨事項に従い、塩基配列バリアントを5つのクラス（病原性、病原性の可能性が高い、意義不明のバリアント［VUS］、良性の可能性が高い、良性）に分類しています。CNVについても、CNV分類に関するACMG/ClinGenガイドラインに従い、5つのクラス（病原性、病原性の可能性が高い、意義不明のバリアント［VUS］、良性の可能性が高い、良性）に分類しています。 また、臨床的に関連するその他のタイプのバリアント（リスク因子、修飾因子など）を同定できる場合があります。バリアントの分類には、公開データベースに加えて、CENTOGENE独自のBiodatabankも活用しています。
最終段階では、同定されたすべてのバリアントとそのアノテーションを評価し、患者さんの臨床症状および／または疑われる診断との関連性を検討します。
全エクソームシーケンス（WES）では、ヒトゲノムのタンパク質コード領域（エクソーム：約1%）を解析します。これには、ヒト疾患との関連がまだ明らかになっていない遺伝子も含まれます。 同定されたバリアントは、上記のワークフローに従って分類します。この際、Online Mendelian Inheritance in Man（OMIM）やHGMD®などの公開データベース、遺伝子特異的データベース、論文（PubMed）、そしてCENTOGENE Biodatabankなどの遺伝型・表現型データベースから得られる利用可能な情報をすべて活用します。
標準ガイドラインおよび診断目的に基づき、ヒト疾患の原因となることが十分に確立されている遺伝子で検出されたバリアントのみをレポートします。その中から、患者さんの表現型に関連するすべてのバリアントをレポートに記載します。バリアントの病原性については、提供された臨床情報を踏まえて検討します。患者さんの臨床像および疾患の家族歴を考慮し、さらなる診断ステップを推奨します。また、個々の疾患の表現型に対する臨床的意義が十分に確立されている疾患関連多型についてもレポートします。
全ゲノムシーケンス（WGS）は、ゲノムを解析するための最も包括的な手法です。濃縮工程に起因するアーティファクトやカバレッジの問題がないことが特徴です。WGSでは、タンパク質コード領域（約1%）だけでなく、残り約99%の非コード領域についても、SNV、CNV、挿入・欠失バリアント（INDEL）、構造バリアント（SV）を解析できます。WGSのレポーティング手順は、WESと同様です。
場合によっては、2つの病原性または病原性の可能性が高い遺伝子バリアントが、互いに重複しない臨床像に関連している、あるいは1つの主要な表現型に寄与していることがあります。このような場合には、レポート作成前に、検査を依頼した医師と症例について検討する必要が生じることがあります。
医師からご依頼いただいた場合、患者さんの疾患や症状とは直接関連しないものの、医学的に介入可能なバリアント（偶発的所見または二次的所見）についても情報を提供しています。 この場合、遺伝子バリアントに加えて、利用可能な治療に関する情報もレポートします。ACMG1,2 のガイドラインに従い、選定された73遺伝子のバリアントをレポートしています。
Miller, D.T., Lee, K., Chung, W.K. et al. ACMG SF v3.0 list for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing: a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01172-3
Miller, D.T., Lee, K., Gordon, A.S. et al. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2021 update: a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med (2021). doi.org/10.1038/s41436-021-01171-4
