2019年2月1日
希少疾患患者の生活を改善するために、医薬品開発を加速させるソリューションを提供することに尽力している希少疾患企業であるCENTOGENEは、直交サンガーシーケンス検証を用いて、臨床的に多様な患者集団における全エクソームシーケンス（WES）ベースの診断における感度と特異度を最適化するための合理的なフレームワークの開発について発表した。.
次世代シーケンシング（NGS）は、研究だけでなく日常的な遺伝子診断検査においてもサンガーDNAシーケンシング法に取って代わりつつありますが、単独の遺伝子検査ほど信頼性が高くないことが研究で示されています。NGSでは偽陽性や偽陰性が相当数発生するため、CENTOGENEは境界症例を検討する際に、バリアントの直交サンガーシーケンシングを並行して使用することを最適化する方法を考案しました。2019年1月号のGenetics in Medicine誌に掲載された論文「臨床的に多様な患者集団のESベース診断における感度と特異度を最適化するエビデンスに基づくアルゴリズムの開発」の中で、CENTOGENEはNGSバリアントコールを一貫して評価および監視できるフレームワークを概説し、この追加検証の負担を大幅に軽減しました。.
CENTOGENEは、品質スコア、リード数、頻度という3つのバリアント固有の特徴を考慮した決定木を開発しました。この予測ツールを使用することで、91.71TPTのバリアントを1001TPTの特異度と99.81TPTの感度で分類することが可能となり、残りの8.31TPTのバリアントのみをサンガーシーケンスで確認する必要があります。この結果により、過剰フィルタリングや過小フィルタリングが回避され、これまで見逃されていた希少疾患の患者に対して、より正確な診断が可能になります。特異度と感度の向上は、より一貫性のあるモニタリング機能にもつながります。.
“「WESベースの診断における感度と特異度を最適化するために当社が開発した新しいフレームワークは、遺伝性疾患の迅速な診断を推進するために臨床データと遺伝子データを変革するという、CENTOGENEの戦略的重点分野を明確に示しています」と、CENTOGENEの最高科学責任者であり、本研究の筆頭著者であるピーター・バウアー医学博士は述べています。「このフレームワークは、遺伝子診断の精度を損なうことなく、業界、学術界、そして臨床現場全体で最適化することができます。」”
本研究は、実際の患者集団を対象に実施され、約1,000種類の候補ゲノム変異に関するデータが組み込まれています。患者サンプルは、EDTA採血管に充填された血液、またはCENTOGENE社が開発したグローバルなロジスティクスソリューションであるCentoCard®（世界規模でのサンプル収集を簡素化するソリューション）を使用したフィルターカード上の乾燥血液スポットとして提供されました。.
